在过去的 5 天里，我试图让 Keras/Tensorflow 包在 R 中工作。我使用 RStudio 进行安装并使用conda, miniconda, virtualenv但最后每次都会崩溃。安装库不应该是一场噩梦，尤其是当我们谈论 R 时（最好的统计语言之一) 和 TensorFlow (最好的深度学习库之一）。有人可以分享在 CentOS 7 上安装 Keras/Tensorflow 的可靠方法吗？
以下是我用来安装的步骤tensorflow在 RStudio 中。
由于 RStudio 每次运行时都会崩溃tensorflow::tf_config()我无法检查出了什么问题。
devtools::install_github("rstudio/reticulate")
devtools::install_github("rstudio/keras") # This package also installs tensorflow
library(reticulate)
reticulate::install_miniconda()
reticulate::use_miniconda("r-reticulate")
library(tensorflow)
tensorflow::tf_config() **# Crashes at this point**
sessionInfo()
R version 3.6.0 (2019-04-26)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
Running under: CentOS Linux 7 (Core)
Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /usr/lib64/R/lib/libRblas.so
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] tensorflow_2.7.0.9000 keras_2.7.0.9000 reticulate_1.22-9000
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_1.0.7 lattice_0.20-45 png_0.1-7 zeallot_0.1.0
[5] rappdirs_0.3.3 grid_3.6.0 R6_2.5.1 jsonlite_1.7.2
[9] magrittr_2.0.1 tfruns_1.5.0 rlang_0.4.12 whisker_0.4
[13] Matrix_1.3-4 generics_0.1.1 tools_3.6.0 compiler_3.6.0
[17] base64enc_0.1-3
Update 1安装 Tensorflow 时 RStudio 不崩溃的唯一方法是执行以下步骤 -
首先，我使用 conda 创建了一个新的虚拟环境
conda create --name py38 python=3.8.0
conda activate py38
conda install tensorflow=2.4
然后在 RStudio 中，我安装了 reticulate 并激活了我之前使用 conda 创建的虚拟环境
devtools::install_github("rstudio/reticulate")
library(reticulate)
reticulate::use_condaenv("/root/.conda/envs/py38", required = TRUE)
reticulate::use_python("/root/.conda/envs/py38/bin/python3.8", required = TRUE)
reticulate::py_available(initialize = TRUE)
ts <- reticulate::import("tensorflow")
当我尝试导入时tensorflow在 RStudio 中，它加载库/lib64/libstdc++.so.6代替/root/.conda/envs/py38/lib/libstdc++.so.6我收到以下错误 -
Error in py_module_import(module, convert = convert) :
ImportError: Traceback (most recent call last):
File "/root/.conda/envs/py38/lib/python3.8/site-packages/tensorflow/python/pywrap_tensorflow.py", line 64, in <module>
from tensorflow.python._pywrap_tensorflow_internal import *
File "/home/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.6/reticulate/python/rpytools/loader.py", line 39, in _import_hook
module = _import(
ImportError: /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.20' not found (required by /root/.conda/envs/py38/lib/python3.8/site-packages/tensorflow/python/_pywrap_tensorflow_internal.so)
Failed to load the native TensorFlow runtime.
See https://www.tensorflow.org/install/errors
for some common reasons and solutions. Include the entire stack trace
above this error message when asking for help.
这是里面的内容/lib64/libstdc++.so.6
> strings /lib64/libstdc++.so.6 | grep GLIBC
GLIBCXX_3.4
GLIBCXX_3.4.1
GLIBCXX_3.4.2
GLIBCXX_3.4.3
GLIBCXX_3.4.4
GLIBCXX_3.4.5
GLIBCXX_3.4.6
GLIBCXX_3.4.7
GLIBCXX_3.4.8
GLIBCXX_3.4.9
GLIBCXX_3.4.10
GLIBCXX_3.4.11
GLIBCXX_3.4.12
GLIBCXX_3.4.13
GLIBCXX_3.4.14
GLIBCXX_3.4.15
GLIBCXX_3.4.16
GLIBCXX_3.4.17
GLIBCXX_3.4.18
GLIBCXX_3.4.19
GLIBC_2.3
GLIBC_2.2.5
GLIBC_2.14
GLIBC_2.4
GLIBC_2.3.2
GLIBCXX_DEBUG_MESSAGE_LENGTH
为了解决库问题，我添加了正确的路径libstdc++.so.6图书馆有GLIBCXX_3.4.20在 RStudio 中。
system('export LD_LIBRARY_PATH=/root/.conda/envs/py38/lib/:$LD_LIBRARY_PATH')
并且
Sys.setenv("LD_LIBRARY_PATH" = "/root/.conda/envs/py38/lib")
但我仍然遇到同样的错误ImportError: /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.20'。不知怎的，RStudio 仍然加载/lib64/libstdc++.so.6首先代替/root/.conda/envs/py38/lib/libstdc++.so.6
代替RStudio，如果我在R控制台，然后我也得到完全相同的错误。
更新2：已发布解决方案here https://stackoverflow.com/a/70798023/11939840
