zotero+logseq联合阅读文献具体设置

title: zotero+logseq联合阅读文献具体设置
date: 2022-05-16 16:10:41
tags: literature research logseq zotero

zotero+logseq联合阅读文献具体设置

• 使用zotero+logseq记录科研工作流程

  • 首先得有一个比较大范围的方向，并在wos中搜索

  • 搜到2000~10000篇文献，导出文献（包括名称，作者，期刊，Abstract）

  • 把这些文献导入到zotero中

  • 按照词频进行分组，先把大的组分出来，再细分小的组，或者也可以按照研究具体兴趣来进行分组

  • 把与自己相关的文献选中，右键选择获取pdf来使用sci-hub下载文献

  • 使用mdnotes把文献meta信息导出到logseq的literature文件夹

  • 使用自定义的快捷导出文献（Ctrl+Shift+C）把文献导出到对应页面中去（方便之后进行管理）

  • 在文献主页选择attachment部分，使用quicker（Ctrl+鼠标中键）来对attachment信息进行处理使其能够在logseq中打开

  • 在attachment下方使用[[文献笔记]]关联，在下方分小点进行记录

  • 对于每一篇文献进行切块，Shift框选图片，Ctrl+V复制到文献笔记中，使用tags::进行打标签分类，文字同理

  • 使用query对于切块的文献资料进行索引（或者使用tags）

  • 该部分主要目标是切块、重组、归纳，把同类信息放在一起进行高通量式的学习

对于其中的具体操作，这里作如下记录

zotero进行分组

按住shift进行拖动，可以把文献从一个分组中剪切到另一个分组中

组别之间找出重复的文献

使用temp标签，先把一个分组全部打上temp标签（全选，拖到temp标签上），在另一个分组中选择temp标签，获取重复的文献

在zotero中使用sci-hub进行文献下载

1. 在高级配置编辑器中，找到extensions.zotero.findPDFs.resolvers变量

2. 把变量值设置为

   {
       "name":"Sci-Hub",
       "method":"GET",
       "url":"https://sci-hub.ren/{doi}",
       "mode":"html",
       "selector":"#pdf",
       "attribute":"src",
       "automatic":true
   }
   

3. 点击OK

4. 选中需要下载的文献，右键，点击找pdf

mdnotes模板设置

1. 参考mdnotes的官网教程，编写4份templete文件

2. 由于这里只需要文献的metadata，4份文件中只修改了Zotero Metadata Template.md文件，修改内容如下

   {{author}}
   {{tags}}, #literature
   {{collections}}
   {{itemType}}
   {{DOI}}
   {{citekey}}
   {{date}}
   {{dateAdded}}
   publicationTitle:: {{publicationTitle}}
   proceedingsTitle:: {{proceedingsTitle}}
   {{related}}
   
   
   
   {{abstractNote}}
   
   
   
   - Attachment
   
     {{pdfAttachments}}
   
   
   

3. 在zotero高级配置编辑器中，修改mdnotes的placeholder相关变量，这里举例如下：

   • extensions.mdnotes.placeholder.dateAdded（没有的话需要自己新建变量）

     {"content":"Date_Added:: {{field_contents}}", "field_contents": "{{content}}"}
     

   • extensions.mdnotes.placeholder.url

     {"content":"URL:: {{field_contents}}", "field_contents": "{{content}}"}
     

   • extensions.mdnotes.placeholder.publicationTitle

     {"content":"{{field_contents}}", "field_contents": "{{content}}"}
     

4. 修改完成选择OK，选取需要的文献，导出为markdown，把导出文件夹设置为logseq的文件夹

5. logseq打开应该如下所示（和logseq的zotero插件导出相似）

   

快捷导出文献，自定义引用格式

1. 使用可视化csl编辑器编辑引用格式

2. 导出并在zotero中使用

3. 示例

   <?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
   <style class="in-text" version="1.0" xmlns="http://purl.org/net/xbiblio/csl">
     <!-- This style was edited with the Visual CSL Editor (https://editor.citationstyles.org/visualEditor/) -->
     <info>
       <title>title_only</title>
       <id>http://www.zotero.org/styles/title_only</id>
       <link href="http://www.zotero.org/styles/title_only" rel="self"/>
       <link href="http://www.sllr.j.u-tokyo.ac.jp/" rel="documentation"/>
       <link href="http://www.j.u-tokyo.ac.jp/students/wp-content/uploads/sites/5/2017/11/20180115quote.pdf" rel="documentation"/>
       <link href="https://ysmatsud.hatenablog.com/entry/2020/03/05/200900" rel="documentation"/>
       <author>
         <name>MATSUDA Yoshiro</name>
         <email>ysmatsud@gmail.com</email>
       </author>
       <category citation-format="author-date"/>
       <category field="law"/>
       <issn>2187-2902</issn>
       <eissn>2188-0689</eissn>
       <updated>2022-05-12T16:27:35+00:00</updated>
       <rights license="http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/">This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 License</rights>
     </info>
     <macro name="author">
       <names variable="author" delimiter="＝">
         <name delimiter="＝" et-al-min="3" et-al-use-first="1"/>
       </names>
     </macro>
     <macro name="title">
       <choose>
         <if type="book">
           <text variable="title"/>
         </if>
         <else>
           <text variable="title"/>
         </else>
       </choose>
     </macro>
     <macro name="publisher">
       <text variable="publisher"/>
     </macro>
     <macro name="volume">
       <text variable="volume" suffix="巻"/>
     </macro>
     <macro name="issue">
       <text variable="issue" suffix="号"/>
     </macro>
     <macro name="pageno">
       <text variable="page" suffix="頁"/>
     </macro>
     <macro name="container">
       <text variable="container-title"/>
     </macro>
     <macro name="issued-date">
       <date variable="issued" prefix=" (" suffix=")">
         <date-part name="year"/>
       </date>
     </macro>
     <macro name="book_suffix">
       <text variable="publisher"/>
       <date variable="issued">
         <date-part name="year"/>
       </date>
     </macro>
     <macro name="webpage_suffix">
       <date variable="issued">
         <date-part name="year" suffix="年"/>
         <date-part name="month" suffix="月" form="numeric"/>
         <date-part name="day" suffix="日"/>
       </date>
       <text variable="URL" prefix=" (" suffix=","/>
       <date variable="accessed" suffix=")">
         <date-part name="year" suffix="年"/>
         <date-part name="month" suffix="月" form="numeric"/>
         <date-part name="day" suffix="日最終閲覧"/>
       </date>
     </macro>
     <citation>
       <layout prefix="- [[" suffix="]]">
         <group delimiter=" ">
           <choose>
             <if type="book">
               <text macro="title"/>
             </if>
             <else-if type="article-journal article-magazine article-newspaper" match="any">
               <text macro="title"/>
             </else-if>
             <else-if type="webpage">
               <text macro="title"/>
             </else-if>
             <else>
               <text macro="title"/>
             </else>
           </choose>
         </group>
       </layout>
     </citation>
     <bibliography>
       <layout prefix="- [[" suffix="]]">
         <group delimiter=" ">
           <choose>
             <if type="book">
               <text macro="title"/>
             </if>
             <else-if type="article-journal article-magazine article-newspaper" match="any">
               <text macro="title"/>
             </else-if>
             <else-if type="webpage">
               <text macro="title"/>
             </else-if>
             <else>
               <text macro="title"/>
             </else>
           </choose>
         </group>
       </layout>
     </bibliography>
   </style>
   
   

设置quicker动作，把pdf attachment变成可以在logseq中打开

1. 写了一个简易版，大家可以借鉴使用

   https://getquicker.net/Sharedaction?code=2a907d83-a004-4d00-e259-08da36e2ef90