在使用R绘图调色的时候，每次都要选择很久，有时候也会忘记相关的记录，特此总结一些自己常用的。
R语言中颜色设置使用通用的颜色代码就行，RGB格式、16进制格式，或者使用相关的颜色字符。
参考下面的链接就可以选择颜色了，但是这个只有字符显示。
http://www.stat.columbia.edu/~tzheng/files/Rcolor.pdf
此外看到一个颜色很全的博客，记录了相关的颜色代码：
https://blog.csdn.net/bone_ace/article/details/47362619
我们调用多个颜色的时候可以使用rainbow():
plot(rep(1,50),col=rainbow(50), pch=19,cex=2)
ggplot默认配色及颜色翻转（reversed colors），scale_color_hue和scales包中的hue_pal()(n) ：
library(gridExtra) ## 排版图片
library(ggplot2) ## ggplot绘图
library(scales) ## 调用hue_pal函数
## 参考
https://stackoverflow.com/questions/45868625/how-to-reverse-the-default-color-palette-for-ggplot2
## 下面两个效果一样，默认scale_color_hue(direction = 1)
p1 <- ggplot(iris, aes(x=Sepal.Length, y=Sepal.Width, color=Species))+
geom_point(size=2) + theme_bw()
p2 <- ggplot(iris, aes(x=Sepal.Length, y=Sepal.Width, color=Species)) +
geom_point(size=2) + theme_bw() + scale_color_hue(direction = 1)
## direction = -1 会使颜色反过来.
## 需要调整起始点使得反过来颜色顺序一致，使用 h.start=90
p3 <- ggplot(iris, aes(x=Sepal.Length, y=Sepal.Width, color=Species))+
geom_point(size=2)+ scale_color_hue(direction = -1, h.start=90) + theme_bw()
# Get the colors with 3 classes
cols <- hue_pal()(3)
# Plot the data and reverse the color
p4 <- ggplot(iris, aes(x=Sepal.Length, y=Sepal.Width, color=Species)) +
geom_point(size=2) + scale_color_manual(values = rev(cols)) + theme_bw()
grid.arrange(p1, p2,p3,p4,
ncol = 2, nrow = 2)
从图中可以看出，上面连个图的颜色设置与下面的设置相反，默认base R中的颜色反转使用rev(cols)即可。
其实，上面的颜色已经可以满足我们的颜色选择需求，但是在选择颜色配对时，我们可能不会搭配，导致图片视觉诡异。
因此，使用一些开发好的主题更为明智：
library(RColorBrewer)
par(mar=c(3,4,2,2))
display.brewer.all()
br_pal <- brewer.pal(11,"RdYlBu") ## 提取某个颜色的颜色值
br_pal
[1] "#A50026" "#D73027" "#F46D43" "#FDAE61" "#FEE090" "#FFFFBF" "#E0F3F8" "#ABD9E9" "#74ADD1"
[10] "#4575B4" "#313695"
下图的三个颜色集合分别对应：sequential、qualitative、diverging
此外这些颜色可以在交互网站colorbrewer2中寻找，网站colorbrewer2（https://colorbrewer2.org）也包含以下三种不同的模式（sequential、qualitative、diverging），有不同的选项来查询选择颜色代码。
使用时，也可以查看下面的链接：
http://rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com/5312_98fc1aba2d5740dd849a5ab797cc2c8d.html
此外，下面是也是一个R包可以选择，但是这个很依赖自己选择，输入下面的命令，会出现可点击的选择框，不太方便。
library("colorspace")
pal <- choose_palette()
## github地址
https://github.com/karthik/wesanderson
require(wesanderson)
names(wes_palettes)
[1] "BottleRocket1" "BottleRocket2" "Rushmore1" "Rushmore" "Royal1"
[6] "Royal2" "Zissou1" "Darjeeling1" "Darjeeling2" "Chevalier1"
[11] "FantasticFox1" "Moonrise1" "Moonrise2" "Moonrise3" "Cavalcanti1"
[16] "GrandBudapest1" "GrandBudapest2" "IsleofDogs1" "IsleofDogs2"
col = wes_palette("Zissou1", 10, type = "continuous")
height = 1:10
barplot(height, border = "white",col=wes_palette("Zissou1", 10, type = "continuous"),space = 0)
## 参考链接
https://cran.r-project.org/web/packages/viridis/vignettes/intro-to-viridis.html
require(viridis)
下面是viridis包的几个颜色主题，可以作为普通的颜色list输入：
viridis(10) ## viridis 主题中提取10个颜色
inferno(10) ## inferno 主题中提取10个颜色
plot(1:10, col=viridis(10),cex=4,pch=20)
ggplot同样可以直接使用这个颜色主题scale_color_viridis和scale_fill_viridis：
p <- ggplot(mtcars, aes(wt, mpg))
p + geom_point(size=4, aes(colour = factor(cyl))) +
scale_color_viridis(discrete=T,option = "inferno") +
theme_bw()
ggsci应该是只有ggplot配色：
## 参考ggsci链接
https://cran.r-project.org/web/packages/ggsci/vignettes/ggsci.html
有时候需要使用多个颜色，eg，50个颜色时候，，默认rainbow颜色不喜欢，这时候可以考虑函数生成。
require(wesanderson)
wes_palette("Zissou1", 5, type = "discrete")
wes_palette("Zissou1", 50, type = "continuous")
require(viridis)
viridis(50)
[1] "#440154FF" "#46085CFF" "#471064FF" "#48176AFF" "#481F70FF" "#482576FF" "#472C7AFF" "#46337EFF"
[9] "#443983FF" "#423F85FF" "#404588FF" "#3E4A89FF" "#3C508BFF" "#39568CFF" "#365C8DFF" "#34618DFF"
[17] "#31668EFF" "#2F6B8EFF" "#2D718EFF" "#2B758EFF" "#297A8EFF" "#277F8EFF" "#25848EFF" "#23898EFF"
[25] "#218E8DFF" "#20928CFF" "#1F978BFF" "#1E9D89FF" "#1FA187FF" "#21A685FF" "#25AB82FF" "#29AF7FFF"
[33] "#30B57CFF" "#38B977FF" "#40BD72FF" "#4AC16DFF" "#55C568FF" "#5FCA61FF" "#6BCD5AFF" "#77D153FF"
[41] "#84D44BFF" "#91D742FF" "#9FDA3AFF" "#ACDC30FF" "#BADE28FF" "#C8E020FF" "#D6E21AFF" "#E4E419FF"
[49] "#F1E51DFF" "#FDE725FF"
barplot(rep(50,50),col=viridis(50),space=0,border = viridis(50))
上面的函数可以将一些diverged colors变换为多个连续的值，例如下面的RColorBrewer函数包中"Spectral"中仅为11个颜色最多，当使用到连续型pheatmap中时，这些颜色就不够用了。
此时，可以使用colorRampPalette函数。
## colorRampPalette函数为系统base R中的函数，可以直接调用的
colfunc<-colorRampPalette(brewer.pal(11,"Spectral"))
colfunc<-colorRampPalette(c("red","yellow","springgreen","royalblue"))
plot(rep(1,50),col=(colfunc(50)), pch=19,cex=2) ## 取50个颜色，颜色图片如下所示
color=colfunc(50) ## 取到50个连续变换色
以上仅记录。