isis安装指南（Liunx版本）+ ASP

2023-10-30

ISIS（Integrated Software for Imagers and Spectrometers ）是一个数字图像处理软件包，用于处理当前和过去 NASA 和国际行星任务收集的图像。

例如，从PDS下载的LRO月球影像数据源文件为IMG格式，需要使用ISIS进行预处理，并生成遥感图像常用TIF格式

Ames Stereo Pipeline（ASP）主要功能是从深空探测轨道器立体像对自动生成三维地形（DEM）等，“ISIS3+ASP” 这一流程已经成为深空探测领域构建立体像对的基本流程

环境要求：

Ubuntu 18.04 LTS
Mac OS X 10.13.6 High Sierra
Fedora 28
CentOS 7.2

一、isis安装（conda安装）

下载 Anaconda 或 Miniconda 安装。Anaconda指的是一个开源的Python发行版本，其包含了conda、Python等180多个科学包及其依赖项。因为包含了大量的科学包，Anaconda 的下载文件比较大（约 531 MB），如果只需要某些包，或者需要节省带宽或存储空间，也可以使用Miniconda这个较小的发行版（仅包含conda和 Python）

1、下载Anaconda

2、打开终端，为Anaconda增加权限并运行（根据您的环境，您的文件名可能会有所不同）

# 为下载的Anaconda文件增加权限
chmod +x Anaconda3-5.3.0-Linux-x86_64.sh   

# 运行
./Anaconda3-5.3.0-Linux-x86_64.sh

3、接下来为 ISIS 设置 Anaconda 环境。

在 bash 提示符下，运行以下命令：

#Create a new conda environment to install ISIS in
conda create -n isis python=3.6

根据不同的 Anaconda 版本选择不同的激活环境的方式方式

#Activate the environment
#Depending on your version of Anaconda use one of the following:

#Anaconda 3.4 之后的版本:
conda activate isis

#Anaconda 3.4之前的版本:
source activate isis

#Add the following channels to the environment
conda config --env --add channels conda-forge
conda config --env --add channels usgs-astrogeology

运行以下命令检查是否设置成功

#Verify you have the correct channels:
conda config --show channels

#应该显示如下:
channels:
    - usgs-astrogeology
    - conda-forge
    - defaults

显示的顺序非常重要，如果 conda-forge在usgs-astrogeology之前，就需要运行如下命令，正常跳过该步

#显示的顺序非常重要，如果 conda-forge在usgs-astrogeology之前，就需要运行如下命令
conda config --env --add channels usgs-astrogeology

4、下载isis

#下载最新的isis版本
conda install -c usgs-astrogeology isis

如果conda下载过慢可使用mamba下载

conda install -n base -c conda-forge mamba
mamba install -c usgs-astrogeology isis

如需下载isis3，相应下载代码在后面选择版本

 #下载isis3
conda install -c usgs-astrogeology isis=3.10.0
mamba install -c usgs-astrogeology isis=3.10.0

5、设置环境变量

在anaconda包中找到isis的路径，并检查 /isis/scripts 路径是否有isis3Startup.sh文件。

# 编辑配置文件
sudo gedit ~/.bashrc

在打开的编辑器末尾添加：`

ISISROOT=/home/v/ISIS3/isis  （这里仅供参考，isis路径根据实际情况）
export ISISROOT
. $ISISROOT/scripts/isis3Startup.sh

保存文件
然后在终端中输入：source ~/.bashrc

6、完成后在终端中输入qview 检查是否安装成功

二、isis辅助数据配置

1、辅助数据下载（base包及任务包）

许多 ISIS 应用程序需要辅助数据。例如，校准应用程序需要flat files来进行校正，严格几何模型构建 spiceinit 命令就需要kernel文件支撑。
由于其大小，这些数据存储在单独目录中。任何位置都可用于 ISIS 数据区，软件只需将 ISISDATA 环境变量设置为其位置即可。
1、下载base包及所需任务包（下载命令见，ISIS3-Github 安装教程）
注：全部的任务包会很大（大于500g，且如果特定任务仍在进行，数据会不断更新），按需下载，并有部分数据可用SPICE服务联网，详见安装教程

2、ISISDATA变量配置

isis版本＜ 4.1.0 ,变量名为 ISIS3DATA
isis版本 ≥ 4.1.0 ,变量名为为ISISDATA

# 编辑配置文件
sudo gedit ~/.bashrc

在打开的编辑器末尾添加：`

ISISDATA=/home/blow/Deskop/ISIS_DATA（辅助数据所在的文件夹路径）
export ISISDATA

保存文件
然后在终端中输入：source ~/.bashrc
完成环境变量ISISROOT与数据变量ISISDATA的设置，isis命令基本便可完整的使用

三、ASP安装

NASA的Ames Stereo Pipeline (ASP)是一套自动化的大地测量和立体测量工具，设计用于处理从轨道和着陆器获得的行星图像，可制作数字高程模型、正射影像，3D模型等。

1、下载StereoPipeline：

官网：http://irg.arc.nasa.gov/ngt/stereo
或 Github ：https://github.com/NeoGeographyToolkit/StereoPipeline/releases

2、下载完可解压到ISIS3目录中或其他目录均可

3、环境变量设置

# 编辑配置文件
sudo gedit ~/.bashrc

在打开的编辑器末尾添加：`

export PATH="/home/v/ISIS3/StereoPipeline-2.6.0-2017-06-01-x86_64-Linux/bin:${PATH}" （路径仅供参考，安装包名称根据实际情况）

注意：ASP使用的是环境数据变量为ISISDATA，使用isis3版本设置的ISIS3DATA不识别，可同时设置ISISDATA
保存文件
然后在终端中输入：source ~/.bashrc

4、完成后在终端中输入stereo –h 检查是否安装成功.

Reference：
https://github.com/USGS-Astrogeology/ISIS3
https://github.com/NeoGeographyToolkit/StereoPipeline/releases

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