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核磁数据处理: FSL系列之bet命令

2023-05-16

bet命令用于脑组织的提取.有GUI和命令行两种调用方式.
下图是bet的GUI界面. 在shell中输入命令Bet就可以启动bet的GUI界面了. 界面非常简单,只需要制定输入图像,设置图像密度阈值f, 选择bet命令执行的方式:Run standard brain extraction using bet2 或者其他. 点击Go就可以运行得到结果了.

图 bet_GUI
命令行调用bet最典型的格式为:

bet <input> <output> [options]

例如: 

bet -m sub3m0.nii.gz

运行后生成两个文件,一个是sub3m0_brain.nii.gz, 还有一个是对应的mask文件sub3m0_brain_mask.nii.gz
选项 -f 可以指定图像密度阈值, 默认是0.5. 下图显示了f设置为0.2和f设置为0.8的对比.
这里写图片描述

图中灰色的是f=0.2的结果,蓝色是f=0.8的结果.

如果图像有很大的FOV或者还有substantial bias field, 在提取脑组织图像时很容易出现一些问题, 这时需要用到一个小技巧, 就是bet的-g 选项.
这里看一个例子. 在fsl的上手教程中数据文件intro中,有一个sub3m0.nii.gz文件.
图 bet_sub3m0
首先用bet提取脑组织, bet -m sub3m0.nii.gz, 可以得到:
图 bet_sub3mo_brain
可以看到边缘还有很多没有去除的痕迹. 可以用bet的-g( the gradient threshold)选项来修正.
bet -m -f 0.3 -g 0.2 sub3m0.nii.gz

另外,还需要一提的是 bet data.nii.gz -R的效果比bet data.nii.gz -m -f 0.5要好很多. 对比如下图:
这里写图片描述
上图中红色的部分是bet data.nii.gz -R生成的.

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