【数据库-4】clinvar

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https://v.qq.com/x/page/m03789y9j98.html
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https://www.clinicalgenome.org/site/assets/files/1594/landrum_clinvar.pdf

1.简介

网址https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar
ClinVar是NCBI主办的与疾病相关的人类基因组变异数据库。它的强大在于整合了dbSNP、dbVar、Pubmed、OMIM等多个数据库在遗传变异和临床表型方面的数据信息，形成一个标准的、可信的遗传变异-临床相关的数据库。ClinVar同时支持在线和下载到本地两种形式。

clinvar是一个开放的数据库，每个研究机构都可以向其提交数据，对于提交的信息，会有专家团队进行审核评级。对于数据库中的位点，根据注释信息的可靠性，分成了1到4个不同的星级，星级越高，可信度越高。截至到2018年11月12日，数据库中所有记录统计如下：

clinvar主要整合以下四块信息：

ClinVar 采用的是星标系统（star-based system），可以评估某个特定突变在疾病中的本来或者注释作用。四星级是最高级，指这个突变的功能已经经过了多位专家的测评。这样详细审查过程的好处在于用户能信任三、四星突变的功能注释，但是在ClinVar 数据库中只有少量此类数据（3800个）。更多时候是只有一星的突变，这通常只基于单个提出注释功能的研究成果，还有没有星的，也就是提交者没有提供解释标准和支持证据。ClinVar 工具的一个问题在于其数据库中大多数临床上重要的突变（83%）都是某个家庭中独一无二的，或者非常罕见的。

2.在线搜索

搜索方式可以分为简单搜索和高级搜索。在该数据库中，提供了以下7种检索方式

• gene symbols
• HGVS expressions
• protein change
• rs number
• disease
• submitters
• location on a chromosome
  
  以PTEN这个gene symbol为例，检索出的部分记录如下：
  
  从结果中，我们可以获知这个基因多种信息，其中有：
• 1.总体信息：在左侧栏目找到这个关键词的总体统计信息，同时这些信息也可以作为筛选条件而使用。
• 2.变异和位置信息：可以发现基因的变异位置、变异类型（C>T还是其他）、所在染色体信息等。
• 3.与其相关的疾病。
• 4.变异频率：这个minor变异类型在不同数据库中的出现频率，如GO-ESP：0.00054（T）表示在ESP数据中含有“T”的等位基因频率为0.00054。
• 5.临床意义：可以简单理解为这个突变对临床疾病的重要性。分为pathogenic（致病），likely benign（可能有害）等多个等级。
• 6.审核状态：因为这些临床意义是提交者自己定义并且提交的，因此有可能会对数据有一定误导作用，通过对数据的审核，有助于加强数据的可靠性。但不是每个数据都会有审核。

2.1 Interpretation

这部分会