本篇笔记是利用个人电脑搭建Linux系统（deepin 20.8）的教程，包括系统下载、映像刻录、启动盘制作、电脑BIOS设置、安装系统、故障解决、驱动更新、软件下载、conda配置、R语言和Rstudio-server配置、远程SSH配置、生信分析环境搭建等步骤，教你如何自己制作一个实用的linux服务器。
有一台10年前的家用台式电脑（古董级2核CPU、4G
内存、500G硬盘），最开始装的win XP，后来换成了win 7，最近打开使用发现非常卡钝，而且垃圾流氓软件居多，基本没法用了。
于是想折腾折腾，发挥一下它的价值，由windows系统转向linux系统，把它变成一台家用服务器，安装R语言和Rstudio-server，作为生信分析测试环境。同时还要保证该电脑正常使用，快过年了，亲戚孩子来了后能用这个电脑听歌、看电影、聊微信、刷B站。
上图是安装了Linux系统的电脑资源占用，发现CPU占用率不到1%，内存只占用了不到300MB，启用超级终端模式之后，电脑系统自身占用资源极低。如果是普通的windows系统，开机后系统占用量比这高十几倍。
目前，比较受欢迎的linux系统有centos、ubuntu、deepin等，其中deepin系统是国产的桌面版系统，里面基本的功能都有，能够满足日常使用。最近已经出了23版本，笔者下载了，安装过程中报错，可能是硬件拉胯，所以在此选择deepin 20.8系统。
镜像下载：
https://cdimage.deepin.com/releases/20.8/deepin-desktop-community-20.8-amd64.iso
兰州大学的镜像站，亲测速度更快：
https://mirror.lzu.edu.cn/deepin-releases/
刻录工具下载：
https://cdimage.deepin.com/applications/deepin-boot-maker/windows/deepin-boot-maker.exe
在windows电脑上下载以上文件，然后准备一个16GB以上U盘，通过刻录工具将镜像烧录到u盘（之后如果需要恢复正常使用，只需要格式化u盘即可），此时已经制作好启动盘。
关闭secure boot，不同机器进入BIOS的方法不一样，我这个是开机按F2,具体方法自行百度。
插入之前制作好的u盘作为启动盘，然后再电脑开机的时候快速猛按F12（不同电脑进入启动项的方法不同）
然后通过上下箭头选择你的U盘，回车后等待一会儿，出现安装界面，选择第一项。
硬盘分区这里如果是全盘安装，将会清空所有内容，然后安装deepin系统，如果需要安装双系统，则根据需要修改挂载位置。
调整根分区大小，这里设置的空间大小相当于windos下的c盘（系统盘）内存空间，可以根据需要修改。
勾选右下角使用集成闭源驱动
等待安装完成，大约耗时几分钟左右
重启后拔掉U盘，然后进入系统，此时已经安装完毕
安装好后重启进入桌面，发现屏幕分辨率不正常，而且无法调整，检查发现显卡驱动存在问题（这是由于nvidia显卡的官方驱动不开源，所以deepin自己做了个冒牌驱动，导致显卡无法正常工作，如果是集成显卡则没有该问题），因此首先尝试重装显卡驱动程序。
进入NVIDIA官网，找到驱动下载页面，根据自己的显卡型号下载稳定生产版Linux驱动，下载后是一个run格式的文件。
https://www.nvidia.cn/Download/index.aspx
由于系统自带nouveau驱动程序，因此需要先将其禁用，然后加入黑名单。
sudo dedit /etc/modprobe.d/blacklist.conf
进入编辑器后将以下内存输入并保存
blacklist vga16fb
blacklist nouveau
blacklist rivafb
blacklist nvidiafb
blacklist rivatv
然后使用以下命令更新linux内核（驱动程序在内核中重建）
sudo update-initramfs -u
卸载原来的NVIDIA驱动程序
sudo apt-get remove --purge nvidia*
暂时关闭X服务（GUI图形界面），这一步会黑屏请看完再操作。
首先按住键盘上的CTRL+ALT+F2，进入超级终端模式，需要输入账户和密码进入命令行界面。
使用下面的命令关闭图形界面（因为显卡驱动必须在关闭显示界面的条件下安装）
sudo service lightdm stop
首先，对下载的显卡驱动更改权限，赋予可执行功能。
sudo chmod +x ./*.run
然后，运行该驱动程序
sudo sh ./*.run
稍等一会儿后出现安装界面，选择Accept
下面这个步骤的意思是将驱动程序以模块形式安装进DKMS，选择NO
出现这个界面表示正在安装，等待几分钟
安装到最后出现报错，无法安装成功，我重新试过三四次，不管怎么样都有报错，可能是这个显卡本身太老了（GTX240，14年前的古董）
使用reboot命令重启电脑，然后发现NVIDIA的驱动程序打开出现错误，屏幕分辨率仍然有问题，显卡驱动不正常。
经过好几次的尝试，都没办法正常安装显卡驱动，迫不得已之下，打开主机箱物理卸载显卡，拔掉显卡后将显示排线连接到主机后面的核显输出端口 。
重启后问题解决，界面恢复正常，因为核显无需额外的驱动程序，所以分辨率、画面亮度等功能也能进行更改，使用起来已经没有太大问题了。
到此，系统安装完成！电脑可以像普通电脑一样下载软件、浏览网页、看电视、听音乐，常用的软件比如微信、QQ、爱奇艺、网易云、WPS、腾讯会议等都有Linux版本，使用起来和普通家用windows电脑没什么大差别，而且垃圾软件个广告更少。
刚开始安装系统时输入的账户为管理员权限，使用该管理员帐号登录，然后进入账户，设置root密码，因为deepin系统初始没有提供root账户，所以需要设置激活后使用。
sudo passwd root
输入上述代码后先输入当前管理员的密码，然后设置root密码并重复一次，即可完成。
su root
输入上述代码并根据提示输入密码，即可进入root账户，此时命令行提示符号为“#”
如果想增加账号，先使用useradd添加，然后使用passwd设置该账户的密码即可。
可以使用系统自带的软件商店安装，这个方法最简单快捷，同时兼容性最好，官方推荐普通用户使用该方法安装软件。
sudo apt install xxx
conda search python #搜索
conda install xxx #安装
由于deepin系统初始状态下，SSH服务是关闭状态，因此无法直接使用SSH远程连接。
sudo apt-get update #更新
sudo apt-get install openssh-server #安装ssh服务
sudo ps -e |grep ssh #查看是否存在ssh进程
netstat -an|head -5 #查看端口信息
sudo /etc/init.d/ssh start #启动ssh服务
sudo systemctl enable ssh #设置开机自动启动ssh服务
使用sudo /etc/init.d/ssh status命令可以查看当前SSH服务的开启状态，显示如下为正常情况。
按照ssh登录软件，常见的putty、finalshell、xshell都可以，这里推荐两款，一个是mobaxterm，界面相对丰富，功能也不错【点击这里即可下载使用】另一个是termius，支持多设备、文件管理和代码自动补齐功能，笔者觉得这两款都比较好用。
进入软件后输入主机IP、用户名、密码，即可远程登录上服务器，也可以直接用电脑的power shell输入以下命令登录。
ssh user@192.168.1.1 -p 22
Miniconda是conda的精简版安装程序。 它是Anaconda的小型引导程序版本，仅包含conda，python，它们依赖的软件包以及少量其他有用的软件包。通俗来说就是一个软件的大仓库，里面有各种软件。
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
进入上方网址，下载Linux版的安装包
按照如下步骤进行安装
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.3-Linux-x86_64.sh --no-check-certificate
#下载
bash Miniconda3-py38_4.8.3-Linux-x86_64.sh
#安装
conda -V
#重启后验证是否安装成功
(base) user@PC:~$ conda -V
conda 22.11.1
方法一：采用默认的包管理器安装，此安装版本默认为3.6，操作简单，如需最新版本无法通过该方式安装。
sudo apt-get install r-base
方法二：采用conda安装，之前已经配置好conda，如果没有安装需要先装conda，再装R，这个方法能够按照最新版4.2.0版本。
conda install r-base -y
安装后输入一个R，检查是否安装成功，如果成功后输入which R查看软件路径，这个路径复制保存，之后有用。
(base) user@PC:~$ R
R version 3.6.1 (2019-07-05) -- "Action of the Toes"
Copyright (C) 2019 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-conda_cos6-linux-gnu (64-bit)
R是自由软件，不带任何担保。
在某些条件下你可以将其自由散布。
用'license()'或'licence()'来看散布的详细条件。
R是个合作计划，有许多人为之做出了贡献.
用'contributors()'来看合作者的详细情况
用'citation()'会告诉你如何在出版物中正确地引用R或R程序包。
用'demo()'来看一些示范程序，用'help()'来阅读在线帮助文件，或
用'help.start()'通过HTML浏览器来看帮助文件。
用'q()'退出R.
> q()
Save workspace image? [y/n/c]: n
(base) user@PC:~$ which R
/home/user/miniconda3/bin/R
需要系统管理员帐号密码和root账户密码，用于安装Rstudio-server，必须以root账户安装，以下操作均在管理员状态下进行。
下载官网：https://posit.co/download
sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download2.rstudio.org/server/bionic/amd64/rstudio-server-2022.12.0-353-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-server-2022.12.0-353-amd64.deb
初次启动Rstudio时提示连接错误，原因是没有指定R的软件路径，之前用which R命令得到的目录保存到Rstudio的配置文件中，重启即可解决。
以下两个文件是Rstudio的配置文件：
/etc/rstudio/rserver.conf
/etc/rstudio/rsession.conf
touch /etc/rstudio/rserver.conf
touch /etc/rstudio/rsession.conf
默认的端口是8787，如果我们想改成其他端口，可以在/etc/rstudio/rserver.conf 文件中添加并修改参数：
vim /etc/rstudio/rserver.conf
www-port=80
#这里我们是将端口改成80
修改完毕之后要验证参数有效性，并重启rstudio-server
rstudio-server test-config
rstudio-server restart
默认情况下，RStudio server 运行时使用的R是系统PATH中指定的R，这个位置可以使用which R确定，如果我们的系统上有多个版本的R，那么可以使用rsession-which-r参数指定RStudio 使用哪个版本的R。
rsession-which-r=/usr/local/bin/R
在/etc/rstudio/rserver.conf文件中添加auth-required-user-group参数，可以指定访问rstudio 的用户：
auth-required-user-group=rstudio_users
创建组，将dave 用户添加到该组：
groupadd rstudio_users
usermod -g rstudio_users -G rstudio_users dave
在/etc/rstudio/rserver.conf 文件中指定用户组，只有属于改组的用户才可以使用rstudio。
auth-required-user-group=rstudio_users
当然也可以添加一些其他的资源限制，比如总内存，stack size 和进程数等：
rsession-memory-limit-mb=4000
rsession-stack-limit-mb=10
rsession-process-limit=100
默认情况下，当用户2个小时没有执行命令，RStudio 会终止用户的R session，并将这些信息写入磁盘，从而减少资源的消耗，当用户下次使用时，session被还原。
可以通过session-timeout-minutes 参数指定session 过期的时间
session-timeout-minutes=30#会话超时时间
limit-file-upload-size-mb 参数，其可以限制最大的上传大小
limit-file-upload-size-mb=100
指定默认的CRAN repository 服务地址
r-cran-repos=https://mirrors.nwafu.edu.cn/cran/
以上修改都需要重启服务才能生效
用任意设备浏览器访问主机本地IP的8787端口即可，网页版的Rstudio自带保存功能，并且支持多用户登录同时使用。
使用的时候，只需要在同一局域网下！
rstudio-server status
rstudio-server start
(base) user@PC:~$ rstudio-server status
● rstudio-server.service - RStudio Server
Loaded: loaded (/lib/systemd/system/rstudio-server.service; enabled; vendor preset: enabled)
Active: active (running) since Wed 2023-01-04 16:18:56 CST; 35s ago
Process: 16882 ExecStart=/usr/lib/rstudio-server/bin/rserver (code=exited, status=0/SUCCESS)
Main PID: 16883 (rserver)
Tasks: 4 (limit: 4447)
Memory: 1.8M
CGroup: /system.slice/rstudio-server.service
└─16883 /usr/lib/rstudio-server/bin/rserver
这个系统实际用起来还是很方便的，普通用户也能很快上手，个人感觉操作界面有点像windows和Macos的结合版。
在设置中能够看到系统的介绍信息，菜单的逻辑关系比较强，操作起来和手机菜单差不多。
自带的终端很好用，响应速度也比较快，能够满足大部分应用。
如果开启图形化窗口界面，普通情况下占用大概2GB内存，通过系统管理器可以看出大部分应用进程占用资源较多。
综上所述，deepin操作系统作为国产之光，用起来还是很棒的！deepin和Linux的关系有点像最近几年鸿蒙和安卓的关系，外界对此还是存在各种观点，笔者认为只要好用、稳定就够了，不用在意具体如何实现。
未来有一天，假如受到国外制裁，所有的windows系统都封禁了，我们还能使用deepin这样的系统做备用替代，那么今日的笔记可能对你有所帮助，多学一点，有益无害。
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