Cytoscape是一款图形化显示网络并进行分析和编辑的软件，从官网下载了最新的版本 3.7.2。
由于Cytoscape需要Java环境才能运行，如果你的电脑还没有Java环境，在安装时最新的3.7.2版本会自动下载并安装Java好环境，自动安装位置为：
C:\Program Files\Common Files\i4j_jres
若无JRE，Cytoscape将无法正常安装、运行、卸载。64位计算机可安装64位（x64）或32位（i586)JRE，32位计算机只能安装32位JRE。一般安装好后，如果启动 Cytoscape 弹出报错窗口，一般都是因为Java环境没有配置好，根据情况的不同可以参考如下文章：
1、Error:The jvm could not be started.The maximum heap size (-Xmx) might be too large or an antivirus or firewall tool could block the execution.
2、cytoscape安装时的问题
3、Cytoscape史上最全攻略
安装好后相应文件夹共有12个项目，如下：
根据官方文档，Linux 或者 Mac OS X系统中打开软件的方式为：运行cytoscape.sh；在Windows系统中，可以双击cytoscape.bat或者直接双击exe文件。
笔者现在的遇到的问题是：Java环境没问题，但是软件无论怎么点击都没有反应，没有任何窗口弹出或提示出现，百度搜索了类似的问题大多都是没有安装java或者版本太低，只需更换版本就能解决，但是经过尝试都无法解决。于是笔者改变思路，以管理员身份在安装目录的这个文件夹下打开命令提示符，结果终于发现了报错的原因，如下所示：
报错为：
错误: 代理抛出异常错误: java.rmi.server.ExportException: Listen failed on port: 0; nested exception is:
java.net.SocketException: Unrecognized Windows Sockets error: 10106: create
查阅相关资料，按照以下方法即可解决问题：
unrecognized Windows Sockets error: 10106: create
解决办法：
正常重启电脑应该就可以解决，若不行，则：
（1）以管理员身份打开命令提示符；
（2）cmd命令行运行：netsh winsock reset；
（3）重启电脑。
winsock是Windows网络编程接口，winsock工作在应用层，它提供与底层传输协议无关的高层数据传输编程接口， netsh winsock reset 是把它恢复到默认状态。
最终，出现了久违的画面。
