$LSB_SUB_PARM_FILE

2023-11-16

$LSB_SUB_PARM_FILE是一个环境变量,用于指定包含作业提交所需参数的文件路径。这个文件通常由作业脚本生成,并在作业提交命令中使用该变量将此文件与作业一起提交给集群管理器。

$LSB_SUB_PARM_FILE所生成的文件中包含了作业提交时所需的各种参数,具体内容如下:

  1. 作业信息:作业名称、任务数、队列名称等。

  2. 资源信息:节点数量、CPU和内存限制等资源相关信息。

  3. 环境变量:定义在脚本中的环境变量,例如PATH和LD_LIBRARY_PATH等。

  4. 运行命令:运行作业所需执行的命令以及执行路径等。

  5. 输入输出文件:输入文件和输出文件及其路径等。

  6. 其他参数:指定log记录格式,是否输出debug信息以及其他自定义参数等。

什么时候才会用到$LSB_SUB_PARM_FILE?

通常情况下,$LSB_SUB_PARM_FILE会在作业提交脚本中被使用。

当用户需要向批处理系统提交一个新的作业时,需要编写一个作业提交脚本(一般为bash或python脚本),该脚本负责设置作业所需的参数并将其提交到批处理系统。在这个过程中,可以使用$LSB_SUB_PARM_FILE变量来生成一个包含所有必要参数的文件,并将其传递给bsub命令进行作业提交。

例如,在Linux平台上运行bsub命令执行以下命令:

bsub -J myjob -q normal -n 4 < script.sh

其中,“-J myjob”表示指定的任务名为“myjob”,“-q normal”表示指定队列名称为“normal”,“-n 4”表示请求节点数量。如果需要更复杂的参数配置,则可以通过创建和引用$LSB_SUB_PARM_FILE文件实现。例如:

#!/bin/bash

cat << EOF > parameters.txt
JOBNAME=myjob
QUEUE=normal
NODES=1:ppn=8:gpus=2,mem=16gb

#...其他参数定义...
EOF

bsub @$LSB_SUB_PARM_FILE < script.sh

其中,“<script.sh>”是用户编写的具体执行任务的脚本程序,在此不再赘述。

总之,在需要向集群批处理系统下发大量、复杂或带有一些按照自己定义规则筛选后确定好的参数的任务时,可以考虑使用$LSB_SUB_PARM_FILE对这些参数进行集中管理,并传递到bsub命令执行任务。

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