安装和运行 rcpp 时出错

我对 R 还很陌生，所以对一个愚蠢的问题表示歉意。我正在尝试让 rcpp 运行，但我陷入了 R 的无限循环，要求我重新安装 RTools。

我大致遵循了以下代码这篇博文，虽然第一次休息时我手动安装了所有东西，随后我又重新安装了几次。我正在运行 Windows 7、R 版本 3.1.2、R Studio 版本 0.98.1091（这并不重要）和 RTools 3.1。

我的控制台的编辑亮点如下：

> library(installr) 
Welcome to installr version 0.15.3...

> install.Rtools()
Loading required package: devtools
No need to install Rtools - You've got the relevant version of Rtools installed

> find_rtools()
[1] TRUE

> library(Rcpp)
> evalCpp("1+1")

Error in sourceCpp(code = code, env = env, rebuild = rebuild, showOutput = showOutput,  :
Error 65535 occurred building shared library.

这时会弹出一个对话框，提示：

安装构建工具 为 R 编译 C/C++ 代码需要安装额外的构建工具。 您想现在安装附加工具吗？

然后我被指示再次从 cran 下载并重新安装 RTools 3.1。

我发现这可能是 PATH 变量的问题，但我尝试了各种方法，包括：

1. PATH 变量中没有任何（额外的）内容
2. 包括对 R (C:\Program Files\R\R-3.1.2\bin\x64) 和 RTools (C:\RBuildTools\3.1\bin;C:\RBuildTools\3.1\gcc-4.6.3\bin) 的引用;) 在路径中。先用 RTools 一次，先用 R 一次
3. 按照初始安装文件的指示，在 PATH 中仅包含对 RTools 的引用。

任何有关尝试的想法将不胜感激！

EDIT

根据 Dirk 的评论，我似乎对 RTools 的安装方式有疑问。我已经按照几个博客/教程中关于如何安装 RTools 的说明进行操作；一切都无济于事（还！）

这个 GitHub 页面提供了一些有关如何安装和检查安装是否有效的说明。我已经遵循了所有检查（请参阅下面的控制台副本），看起来我已经安装了 RTools，但是当我尝试运行时evalCPP()我再次遇到与之前指导我安装 RTools 相同的错误。

> Sys.getenv('PATH')
[1] "C:\\Program Files\\R\\R-3.1.2\\bin\\x64;C:\\RTools\\bin;C:\\RTools\\gcc-4.6.3\\bin;C:\\WINDOWS\\system32;C:\\WINDOWS;C:\\WINDOWS\\System32\\Wbem;C:\\WINDOWS\\System32\\WindowsPowerShell\\v1.0\\;C:\\Program Files (x86)\\Enterprise Vault\\EVClient\\;C:\\Program Files (x86)\\Microsoft SQL Server\\100\\Tools\\Binn\\VSShell\\Common7\\IDE\\;C:\\Program Files (x86)\\Microsoft SQL Server\\100\\Tools\\Binn\\;C:\\Program Files\\Microsoft SQL Server\\100\\Tools\\Binn\\;C:\\Program Files (x86)\\Microsoft SQL Server\\100\\DTS\\Binn\\;C:\\Program Files (x86)\\Microsoft Visual Studio 9.0\\Common7\\IDE\\PrivateAssemblies\\;C:\\Program Files\\Microsoft SQL Server\\110\\Tools\\Binn\\;C:\\Program Files\\Microsoft\\Web Platform Installer\\;C:\\Program Files (x86)\\Microsoft SDKs\\TypeScript\\1.0\\;C:\\Program Files\\Microsoft SQL Server\\100\\DTS\\Binn\\"
Warning message:
printing of extremely long output is truncated

> system('g++ -v')
Using built-in specs.
COLLECT_GCC=C:\RTools\GCC-46~1.3\bin\G__~1.EXE
COLLECT_LTO_WRAPPER=c:/rtools/gcc-46~1.3/bin/../libexec/gcc/i686-w64-mingw32/4.6.3/lto-wrapper.exe
Target: i686-w64-mingw32
Configured with: /data/gannet/ripley/Sources/mingw-test3/src/gcc/configure --host=i686-w64-mingw32 --build=x86_64-linux-gnu --target=i686-w64-mingw32 --with-sysroot=/data/gannet/ripley/Sources/mingw-test3/mingw32mingw32/mingw32 --prefix=/data/gannet/ripley/Sources/mingw-test3/mingw32mingw32/mingw32 --with-gmp=/data/gannet/ripley/Sources/mingw-test3/mingw32mingw32/prereq_install --with-mpfr=/data/gannet/ripley/Sources/mingw-test3/mingw32mingw32/prereq_install --with-mpc=/data/gannet/ripley/Sources/mingw-test3/mingw32mingw32/prereq_install --disable-shared --enable-static --enable-targets=all --enable-languages=c,c++,fortran --enable-libgomp --enable-sjlj-exceptions --enable-fully-dynamic-string --disable-nls --disable-werror --enable-checking=release --disable-win32-registry --disable-rpath --disable-werror CFLAGS='-O2 -mtune=core2 -fomit-frame-pointer' LDFLAGS=
Thread model: win32
gcc version 4.6.3 20111208 (prerelease) (GCC) 

> system('where make')
C:\Rtools\bin\make.exe

我也看过R 安装和管理附录 D。我在这里看不到任何我还没有尝试过的东西，除了D.4 节这意味着我可能需要使用我安装的 RTools 从源代码重建 rcpp。我没有时间立即执行此操作，但会尝试一下，除非人们说这条路线不值得我花时间。

EDIT v2

所以我尝试从源代码构建 rcpp ...但这也不起作用。我从以下位置下载了包源代码和 Windows 二进制文件CRAN Rcpp 包页面。在 R 控制台中，我现在得到：

> install.packages(pkgs = "C:/Rcpp_0.11.4.tar.gz", repos = NULL, contriburl = NULL, type = "source", verbose = TRUE)
Installing package into ‘C:/Users/james.macadie/Documents/R/win-library/3.1’
(as ‘lib’ is unspecified)
system (cmd0): C:/PROGRA~1/R/R-31~1.2/bin/x64/R CMD INSTALL
Warning in install.packages :
  package ‘C:/Rcpp_0.11.4.tar.gz’ is not available (for R version 3.1.2)

我想我现在的活跃问题可以归结为：

• 阅读上面的整篇文章，谁能告诉我如何解决问题，使其正常工作？或者，如果失败的话...
• 我可以运行哪些测试来检查我是否确实正确安装了 Rtools？我在互联网上找到的所有内容都表明我这样做：system('where make')等等。但是，无法运行的证据evalCpp或其他 rccp 函数表明我不这样做。
• 从源代码构建时我做错了什么？我应该尝试命令行选项吗？

EDIT v3

Running evalCpp with showOutput= TRUE and verbose = TRUE我想我已经将错误追溯到R CMD SHLIB不工作。我跟着这个博客，它展示了如何直接使用命令行 R。然而当我到达终点线时R CMD SHLIB sequence_examples.c执行只是直接跳到下一个命令行，不执行任何操作，在目录中生成任何文件或引发任何错误。我尝试运行--help命令行中的选项，但得到相同类型的错误：

C:\Users\james.macadie> R --help


Or: R CMD command args

where 'command' is one of:
  INSTALL  Install add-on packages
  REMOVE   Remove add-on packages
  SHLIB    Make a DLL for use with dynload
  BATCH    Run R in batch mode
  build    Build add-on packages
  check    Check add-on packages
  Rprof    Post process R profiling files
  Rdconv   Convert Rd format to various other formats
  Rdiff    difference R output files
  Rd2pdf   Convert Rd format to PDF
  Rd2txt   Convert Rd format to pretty text
  Stangle   Extract S/R code from vignette
  Sweave    Process vignette documentation
  config   Obtain configuration information about R
  open     Open a file via Windows file associations
  texify   Process a latex file

Use
  R CMD command --help
for usage information for each command.


C:\Users\james.macadie> R CMD SHLIB --help

C:\Users\james.macadie>

注意：对于阅读本文前面的早期代码示例的人们，自这些代码快照以来我已经更改了一些内容：

• 我已将 R 直接安装到 C:\R 中。它曾经位于 C:\Program Files\R\ 中，但正如建议的那样，带有空格的文件路径可能会导致问题
• 我引用的是 C:\Rtools\ 下的 Rtools，而不是 C:\RBuildTools\

一如既往，感谢您的任何建议

尝试安装 Twitter 的 BreakoutDetection（也是用 cpp 编写）时遇到同样的无限循环问题

通过执行以下命令修复

Sys.setenv(PATH="%PATH%;C:/Rtools/gcc-4.6.3/bin;c:/Rtools/bin")

然后在出现以下提示时回答“否”：

“安装构建工具为 R 编译 C/C++ 代码需要安装附加构建工具。您想立即安装附加工具吗？”

没有独立尝试这些操作，因此不确定自己是否可以解决问题