当您在 RStudio 中打开或创建项目时，工作目录会自动更改为项目的目录。但是，如果您要保存文件或在其他子目录中工作，则更改工作目录通常会很方便。在每个脚本中管理这一点可能会很痛苦。
是否有一个始终指向项目根目录的变量（也可由“Knit HTML”按钮分叉的会话读取）可以用来简化此操作？
出现“Knit HTML”按钮，将工作目录设置为 R Markdown 文件的工作目录。例如，如果您有一个名为project.root在你的./Rprofile，然后在打开此脚本的情况下单击“Knit HTML”，
```{r}
getwd()
source('./Rprofile')
setwd(project.root)
getwd()
```
第一个和最后一个结果将是脚本目录，其余的将抛出错误。
回顾一下，正如您推断的那样，您可以在命令行中设置 R 的工作目录，如下所示：
setwd(“~/NateProjects”)
您还可以使用 RStudio 的文件窗格导航到某个目录，然后从菜单将其设置为工作目录：会话 --> 设置工作目录 --> 到文件窗格位置。 （您会在那里看到更多选项）。或者在“文件”窗格中，选择“更多”并设置为工作目录。
但是，您可以做得更好并像专业程序员一样设置环境。为此，您可以选择将与某个项目（该项目是松散定义的，因为我将所有个人代码都放在一个项目下）关联的所有文件组织在一起 - 输入数据、R 脚本、分析结果、图形。事实上，RStudio 对此有内置支持。这里有一个很棒的教程，您可以看一下，其中详细解释了如何逐步完成：
http://www.rstudio.com/ide/docs/using/projects
本质上，根据文档，您需要执行以下操作：
- 使用“创建项目”命令（可在“项目”菜单和全局工具栏上使用）创建新项目。这可以是您放置所有未来子项目和子文件夹的地方
然后，一旦您在 RStudio 中创建了这个新项目，就会发生以下操作：
- 您可以在项目目录中创建一个项目文件（扩展名为 .Rproj）。该文件包含各种项目选项（如下所述），也可以用作直接从文件系统打开项目的快捷方式。
- 您创建一个隐藏目录（名为 .Rproj.user），其中存储项目特定的临时文件（例如自动保存的源文档、窗口状态等）。如果需要，此目录还会自动添加到 .Rbuildignore、.gitignore 等。
- 将项目加载到 RStudio 中并在“项目”工具栏（位于主工具栏的最右侧）中显示其名称
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