我正在探索一些生物信息学数据，并且喜欢尽可能使用 R 笔记本（即 Rmarkdown）。现在，我需要使用命令行工具来分析 VCF 文件，并且我想通过 Rmarkdown 笔记本中的 Bash 代码块来完成此操作。

问题是我想使用的命令是用conda进入我的 conda 环境。该工具是bcftools。当我尝试访问此命令时，出现此错误（代码块被注释掉以显示 rmarkdown 代码块格式）：

#```{bash}
bcftools view -H test.vcf.gz
#```

/var/folders/9l/phf62p1s0cxgnzp4hgl7hy8h0000gn/T/RtmplzEvEh/chunk-code-6869322acde0.txt: line 3: bcftools: command not found

而如果我从终端运行，我会得到输出（使用名为“binfo”的 conda 环境）：

> bcftools view -H test.vcf.gz | head -n 3
chr10   78484538    .   A   C   .   PASS    DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024109    GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4 0/0:.:34:33:0:0%:0,33,0,0   0/1:.:23:19:4:17.39%:1,18,0,4
chr12   4333138 .   G   T   .   PASS    DP=119;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034921   GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4 0/0:.:72:71:1:1.39%:71,0,1,0    0/1:.:47:42:5:10.64%:42,0,5,0
chr15   75086860    .   C   T   .   PASS    DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013095    GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4 0/0:.:15:15:0:0%:4,11,0,0   0/1:.:13:8:5:38.46%:5,3,1,4
(binfo)

那么，如何从 R 笔记本/Rmarkdown bash 代码块访问 conda/在我的 conda 环境中安装的工具？找了好久也没找到人说跑步condaRmarkdown 中 shell 块中的命令。任何帮助将不胜感激，因为我喜欢 R 笔记本格式进行探索性分析。

将参数传递给引擎

如果你的康达是正确配置以在 bash 中工作，那么你可以使用engine.opts告诉 bash 以登录模式启动（即，获取您的.bash_profile（苹果机）或.bashrc（Linux））：

bash

```{bash engine.opts='-l'}
bcftools view -H test.vcf.gz
```

zsh

如果与zsh（例如，Mac OS 10.15 Catalina 用户），然后是交互式标志，--interactive|-i就是你想要的（来源：@Leo).

```{zsh engine.opts='-i'}
bcftools view -H test.vcf.gz
```

同样，这假设您之前运行过conda init zsh设置 Conda 与 shell 一起使用。

再现性注意事项

由于可重复性通常是科学工作中关注的一个问题，因此我要补充一点，您可能想要做一些事情来捕获 Conda 环境的状态。例如，如果您正在从事版本控制工作，则提交conda env export > environment.yaml。另一种选择是直接在 Rmd 末尾输出该信息，就像通常使用的那样sessionInfo()。那是，

```{bash engine.opts='-l', comment=NA}
conda env export
```

哪里的comment=NA以便可以从渲染版本中干净地复制输出。