conda 使用教程
针对 ubuntu 20.04
ubuntu 20.04 是 “西柚云” 主要使用的操作系统 西柚云官网
参考教程:
conda 的安装和卸载
虚拟环境管理
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conda env list (列出虚拟环境信息)
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conda create -n <env_name> (创建虚拟环境)
conda create -n py38 -y
conda create -n py39 python=3.9 -y
conda create -n py39_2 -y && conda install -n py39_2 python=3.9 -y
diff miniconda3/envs/py39 miniconda3/envs/py39_2
可以看到,在创建环境时指定 python 版本,和创建完环境后安装 python 的指定版本两者导致的结果并无不同,那为什么官方推荐在创建环境时使用 python=3.9 的方式指定 python
版本呢? 这是因为如果您要在该虚拟环境中使用 python,就应该在创建环境之初下载 python3.9 ,之后在这个虚拟环境中下载的其他包都会匹配 python3.9的依赖与约束。如果安装了很多其他包之后再安装 python3.9,处理环境依赖就会变得较为复杂,甚至导致一些不易察觉的 bug。
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conda activate <env_name> (进入虚拟环境)
conda activate py39
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conda deactivate <env_name> (退出虚拟环境)
conda deactivate
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conda remove -n <env_name> --all 删除虚拟环境
conda create -n test -y
conda env list
conda remove -n test --all
conda env list
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导出虚拟环境
conda list --explicit > spec-list.txt
conda env export > environment.yml
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根据导出的文件创建虚拟环境
conda create -n env_name1 --file spec-list.txt
conda env create --file environment.yml
channels 管理
conda 处理 channels 的优先级的步骤:
1. 按通道优先级从高到低对包进行排序。
2. 将捆绑的软件包(具有相同通道优先级的软件包)从最高版本号到最低版本号排序。例如,如果 channelA 包含 NumPy 1.12.0 和 1.13.1,则 NumPy 1.13.1 将被排序更高。
3. 将仍然绑定的软件包(具有相同通道优先级和相同版本的软件包)从最高到最低内部版本号排序。例如,如果 channelA 同时包含 NumPy 1.12.0 build 1 和 build 2,则 build 2 首先排序。通道B 中的任何包都将排在通道A 之下。
4. 安装排序列表中满足安装规范的第一个包
- 列出 conda 中配置的 channels,根据从低到高的优先级排列
conda config --get channels
- 添加 channels,添加国内的 channels 也就是我们常说的添加国内源
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
- 删除 channels
- 安装包时暂时添加 channels,此 channels 处于最高优先级
conda install -c bioconda presto
包管理
使用 conda 安装包之前,需要在以下链接中搜索 conda 包,找到安装对应包的命令后再进行安装,如果不能在下面的链接中找到安装方法,即表明该包不能通过 conda 安装。
搜 conda 包
- conda list (查看当前虚拟环境已经安装的包)
- conda install <package_name>
conda install --help
conda install requests -y
conda install -c bioconda presto
conda install numpy -y -vv
nohup conda install pandas -y &
- conda 官方建议,使用 conda 安装的 python包和使用 pip 安装的 python 包是有略微不同的,如果可能,尽量使用 conda 来安装包。参考链接
配置管理
- conda config --show
conda config --help
conda config --get channels
conda config --remove <key> <value>
我们很难记住那么多配置项的作用,如果需要可以查阅 conda 官方教程对各配置项的详解
conda 配置项的作用
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