使用 python 替换特定行中的字符串

我正在编写一个 python 脚本来替换具有特定扩展名 (.seq) 的目录中每个文本文件中的字符串。替换的字符串只能来自每个文件的第二行，输出是一个新的子目录（称为 clean），其文件名与原始文件相同，但带有 *.clean 后缀。输出文件包含与原始文本完全相同的文本，但替换了字符串。我需要用“N”替换所有这些字符串：“K”、“Y”、“W”、“M”、“R”、“S”。

这是我在谷歌搜索后想到的。它非常混乱（编程的第二周），并且它停止在将文件复制到干净目录中而不替换任何内容。我真的很感激任何帮助。

先谢谢了！

import os, shutil

os.mkdir('clean')

for file in os.listdir(os.getcwd()):
    if file.find('.seq') != -1:
        shutil.copy(file, 'clean')

os.chdir('clean')

for subdir, dirs, files in os.walk(os.getcwd()):
    for file in files:
        f = open(file, 'r')
        for line in f.read():
            if line.__contains__('>'): #indicator for the first line. the first line always starts with '>'. It's a FASTA file, if you've worked with dna/protein before.
                pass
            else:
                line.replace('M', 'N')
                line.replace('K', 'N')
                line.replace('Y', 'N')
                line.replace('W', 'N')
                line.replace('R', 'N')
                line.replace('S', 'N')

一些注意事项：

1. string.replace and re.sub不是就位，因此您应该将返回值分配回您的变量。
2. glob.glob更适合在目录中查找与定义模式匹配的文件...
3. 也许您应该在创建目录之前检查该目录是否已经存在（我只是假设这一点，这可能不是您想要的行为）
4. the with语句负责以安全的方式关闭文件。如果你不想使用它，你必须使用try finally.
5. 在您的示例中，您忘记添加后缀*.clean ;)
6. 你实际上并没有编写文件，你可以像我在示例中那样做或者使用fileinput模块（直到今天我还不知道）

这是我的例子：

import re
import os
import glob

source_dir=os.getcwd()
target_dir="clean"
source_files = [fname for fname in glob.glob(os.path.join(source_dir,"*.seq"))]

# check if target directory exists... if not, create it.
if not os.path.exists(target_dir):
    os.makedirs(target_dir)

for source_file in source_files:
   target_file = os.path.join(target_dir,os.path.basename(source_file)+".clean")
   with open(source_file,'r') as sfile:
      with open(target_file,'w') as tfile:
         lines = sfile.readlines()
         # do the replacement in the second line.
         # (remember that arrays are zero indexed)
         lines[1]=re.sub("K|Y|W|M|R|S",'N',lines[1])
         tfile.writelines(lines)

print "DONE"

希望能帮助到你。