knitr 文档中 install.packages 失败:“尝试在不设置镜像的情况下使用 CRAN”

2023-12-02

使用以下代码我得到了我想要的数据,但由于某种原因我无法弄清楚knitr不允许我编译 PDF 文档,如下所示:

My code:

install.packages("weatherData")
library(weatherData)
istanbul <- getWeatherForDate("Istanbul",
                              start_date = Sys.Date() - 41, 
                              end_date = Sys.Date())

工作没有问题,但我在尝试编译 PDF 时收到以下消息:

Quitting from lines 3-31 (ist_weather.spin.Rmd) 
Error in contrib.url(repos, type) : 
  trying to use CRAN without setting a mirror
Calls: <Anonymous> ... eval -> eval -> install.packages -> grep -> contrib.url
Execution halted

Knit 生成一个 R 会话,没有默认的 cran 镜像,除非您特别要求一个。当我们使用 Rstudio 时,我们往往会忘记需要为每个 R 会话设置 CRAN,因为它会处理它,但仅用于交互式使用,而不用于 knit。

您可以尝试指定一个镜像作为install.packages争论:

install.packages("weatherData",repos = "http://cran.us.r-project.org")

或者,您可以在您的系统中设置默认的 CRAN 镜像.Rprofile. See 这个答案.

也就是说,通过 knitr 文档安装软件包不是一个好主意,您可能会编译多次。您应该假设人们知道如何在需要时安装丢失的软件包,或者至少在再次安装之前测试该软件包是否已安装

if(!require(weatherData)) install.packages("weatherData",repos = "http://cran.us.r-project.org")
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