将邻接矩阵转换为 csv 文件

我想使用 python（或者可能是 R）将 ARACNE 的邻接矩阵输出转换为 csv 文件。

adj 文件被设置为显示右侧的一个基因以及它与其他基因的每一个相互作用。例如：

A B 0.4 C 0.3
B C 0.1 E 0.4
C D 0.2 E 0.3

上面，A 和 B 相互作用，相互作用的值为 0.4。 A和C相互作用，值为0.3，以此类推。

我想改变布局，所以我......

A B 0.4
A C 0.3
B C 0.1
B E 0.4
C D 0.2
C E 0.3

基本上我想要一个所有交互节点和相应值的列表，以便我可以将文件上传到 Cytoscape 并绘制网络。

使用一个简单的方法来做到这一点csv模块 -

import csv
with open('<inputfile>','r') as f , open('<outputfile>','w') as of:
    reader = csv.reader(f, delimiter=' ')
    writer = csv.writer(of, delimiter=' ')
    for lines in reader:
            key = lines.pop(0)
            for i in range(0,len(lines),2):
                    writer.writerow([key, lines[i], lines[i+1]])

示例/演示 -

My a.csv -

A B 0.4 C 0.3
B C 0.1 E 0.4
C D 0.2 E 0.3

Code -

>>> import csv
>>> with open('a.csv','r') as f , open('b.csv','w') as of:
...     reader = csv.reader(f, delimiter=' ')
...     writer = csv.writer(of, delimiter=' ')
...     for lines in reader:
...             key = lines.pop(0)
...             for i in range(0,len(lines),2):
...                     writer.writerow([key, lines[i], lines[i+1]])

输出输入b.csv -

A B 0.4
A C 0.3
B C 0.1
B E 0.4
C D 0.2
C E 0.3