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常见的降维库有哪些？

2023-12-05

常见的降维库有哪些？

计算生物学领域， 做基因数据分析的用得比较多。

发的paper比较好。

1、sklearn库里的ISOMAP and umap

2、Scanpy 库【这个最猛】 

scanpy.tl.pcascanpy.tl.tsne
scanpy.tl.umap
scanpy.tl.draw graph
scanpy.tl.diffmap
scanpy.tl.embedding density
scanpy.tl.leiden
scanpy.tl.louvain
scanpy.tl.dendrogram
scanpy.tl.dpt
scanpy.tl.paga
scanpy.tl.ingest
scanpy.tl.rank genes groups
scanpy.tl.filter_rank genes grups
scanpy.tl.marker gene overlar

3、Cumulus【Nature Methods的paper】

pegasus
aBVg5-1701659760901)]

pegasus
Pegasus is a Python package for large-scale single-cell/single-nucleus data analysis.

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