程序员经验分享-hwhale

使用 R 使用特定方程将曲线拟合到数据集

2023-12-11

我正在使用 R。 我想使用一个特定的方程来拟合我的一个数据集的曲线（附后）

> dput(data)
structure(list(Gossypol = c(1036.331811, 4171.427741, 6039.995102, 
5909.068158, 4140.242559, 4854.985845, 6982.035521, 6132.876396, 
948.2418407, 3618.448997, 3130.376482, 5113.942098, 1180.171957, 
1500.863038, 4576.787021, 5629.979049, 3378.151945, 3589.187889, 
2508.417927, 1989.576826, 5972.926124, 2867.610671, 450.7205451, 
1120.955, 3470.09352, 3575.043632, 2952.931863, 349.0864019, 
1013.807628, 910.8879471, 3743.331903, 3350.203452, 592.3403778, 
1517.045807, 1504.491931, 3736.144027, 2818.419785, 723.885643, 
1782.864308, 1414.161257, 3723.629772, 3747.076592, 2005.919344, 
4198.569251, 2228.522959, 3322.115942, 4274.324792, 720.9785449, 
2874.651764, 2287.228752, 5654.858696, 1247.806111, 1247.806111, 
2547.326207, 2608.716056, 1079.846532), Treatment = structure(c(2L, 
3L, 4L, 5L, 2L, 3L, 4L, 5L, 1L, 2L, 3L, 5L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 
1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 1L, 
2L, 3L, 4L, 5L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 1L, 2L, 
3L, 4L, 5L, 1L, 2L, 3L, 1L), .Label = c("C", "1c_2d", "3c_2d", 
"9c_2d", "1c_7d"), class = "factor"), Damage_cm = c(0.4955, 1.516, 
4.409, 3.2665, 0.491, 2.3035, 3.51, 1.8115, 0, 0.4435, 1.573, 
1.8595, 0, 0.142, 2.171, 4.023, 4.9835, 0, 0.6925, 1.989, 5.683, 
3.547, 0, 0.756, 2.129, 9.437, 3.211, 0, 0.578, 2.966, 4.7245, 
1.8185, 0, 1.0475, 1.62, 5.568, 9.7455, 0, 0.8295, 2.411, 7.272, 
4.516, 0, 0.4035, 2.974, 8.043, 4.809, 0, 0.6965, 1.313, 5.681, 
3.474, 0, 0.5895, 2.559, 0)), .Names = c("Gossypol", "Treatment", 
"Damage_cm"), row.names = c(NA, -56L), class = "data.frame")

方程为：y~yo+a*(1-b^x)在哪里：y = Gossypol（来自我的数据集）x = Damage_cm（来自我的数据集）

其他 3 个参数未知：yo = Intercept, a = asymptote and b = slope

我想我必须使用这个包nls2。到目前为止我写了以下代码：

data<-read.csv("Regression_exp2.csv",header=T, sep = ",")
library(nls2)
attach(data)
m<-nls(Gossypol~Y+A*(1-B^Damage_cm),data=data,start = list(Y=1700,A=4000,B=1))

这给了我错误消息：

nlsModel(formula, mf, start, wts) 中的错误：奇异梯度矩阵 在初始参数估计时

最后我想用方程来绘制一条曲线（有SE区间，我通常使用ggplot2）

此外，我想知道R2和p值。 我也对参数感兴趣yo , a and b

我以前从未这样做过，如果有人可以帮助我或给我提示如何在 R 中执行此操作，我将非常感激？我想我必须使用非线性方法（glm(...)）

多谢， 麦克风


您必须稍微调整一下起始值：

> data
    Gossypol Treatment Damage_cm
1  1036.3318     1c_2d    0.4955
2  4171.4277     3c_2d    1.5160
3  6039.9951     9c_2d    4.4090
4  5909.0682     1c_7d    3.2665
5  4140.2426     1c_2d    0.4910
...
54 2547.3262     1c_2d    0.5895
55 2608.7161     3c_2d    2.5590
56 1079.8465         C    0.0000

然后你可以调用：

m<-nls(data$Gossypol~Y+A*(1-B^data$Damage_cm),data=data,start = list(Y=1000,A=3000,B=0.5))

印刷m给你：

> m
Nonlinear regression model
  model: data$Gossypol ~ Y + A * (1 - B^data$Damage_cm)
   data: data
        Y         A         B 
1303.4450 2796.0385    0.4939 
 residual sum-of-squares: 1.03e+08

现在您可以根据拟合获取数据：

fitData <- 1303.4450 + 2796.0385*(1-0.4939^data$Damage_cm)

绘制数据以比较拟合数据和原始数据：

plot(data$Damage_cm, data$Gossypol, col='black')
par(new=T)
plot(data$Damage_cm,fitData, col='red', ylim=c(0,8000), axes=F, ylab='')

这给你：

enter image description here

如果你想使用nls2确保已安装，如果没有安装，您可以使用

install.packages('nls2')

这样做。

library(nls2)
m2<-nls2(data$Gossypol~Y+A*(1-B^data$Damage_cm),data=data,start = list(Y=1000,A=3000,B=0.5))

这给你相同的价值观nls:

> m2
Nonlinear regression model
  model: data$Gossypol ~ Y + A * (1 - B^data$Damage_cm)
   data: structure(list(Gossypol = c(1036.331811, 4171.427741, 6039.995102, 5909.068158, 4140.242559, 4854.985845, 6982.035521, 6132.876396, 948.2418407, 3618.448997, 3130.376482, 5113.942098, 1180.171957, 1500.863038, 4576.787021, 5629.979049, 3378.151945, 3589.187889, 2508.417927, 1989.576826, 5972.926124, 2867.610671, 450.7205451, 1120.955, 3470.09352, 3575.043632, 2952.931863, 349.0864019, 1013.807628, 910.8879471, 3743.331903, 3350.203452, 592.3403778, 1517.045807, 1504.491931, 3736.144027, 2818.419785, 723.885643, 1782.864308, 1414.161257, 3723.629772, 3747.076592, 2005.919344, 4198.569251, 2228.522959, 3322.115942, 4274.324792, 720.9785449, 2874.651764, 2287.228752, 5654.858696, 1247.806111, 1247.806111, 2547.326207, 2608.716056, 1079.846532), Treatment = structure(c(2L, 3L, 4L, 5L, 2L, 3L, 4L, 5L, 1L, 2L, 3L, 5L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 1L, 2L, 3L, 1L), .Label = c("C", "1c_2d", "3c_2d", "9c_2d", "1c_7d"), class = "factor"), Damage_cm = c(0.4955, 1.516, 4.409, 3.2665, 0.491, 2.3035, 3.51, 1.8115, 0, 0.4435, 1.573, 1.8595, 0, 0.142, 2.171, 4.023, 4.9835, 0, 0.6925, 1.989, 5.683, 3.547, 0, 0.756, 2.129, 9.437, 3.211, 0, 0.578, 2.966, 4.7245, 1.8185, 0, 1.0475, 1.62, 5.568, 9.7455, 0, 0.8295, 2.411, 7.272, 4.516, 0, 0.4035, 2.974, 8.043, 4.809, 0, 0.6965, 1.313, 5.681, 3.474, 0, 0.5895, 2.559, 0)), .Names = c("Gossypol", "Treatment", "Damage_cm"), row.names = c(NA, -56L), class = "data.frame")
        Y         A         B 
1303.4450 2796.0385    0.4939 
 residual sum-of-squares: 1.03e+08

Number of iterations to convergence: 2 
Achieved convergence tolerance: 4.936e-06

如果你更喜欢ggplot2:

ggplot(data, aes(x = Damage_cm, y = Gossypol)) +
     geom_point() +
     geom_smooth(method = "nls",
                 formula = y ~ Y + A * (1 - B^x),
                 start = c(Y=1000, A=3000, B=0.5), se = F)

enter image description here

虽然我担心标准错误必须在外部模拟ggplot.

本文内容由网友自发贡献，版权归原作者所有，本站不承担相应法律责任。如您发现有涉嫌抄袭侵权的内容，请联系:hwhale#tublm.com(使用前将#替换为@)

r

curvefitting

modelfitting

使用 R 使用特定方程将曲线拟合到数据集 的相关文章

  • 从 glmnet 获取变量选择顺序

    我一直在使用 glmnet R 包为一个目标变量 Y 数字 和 762 个协变量构建 LASSO 回归模型 我使用 glmnet 函数 然后coef fit s 0 056360 获取该特定 lambda 值的系数值 我现在需要的是变量选择

  • 直接来自数据的马尔可夫模型图（makovchain 或 deemod 包？）

    我想读取一堆因子数据并从中创建一个可以很好地可视化的转换矩阵 我发现了一个非常好的软件包 称为 heemod 它与 diagram 一起工作得不错 对于我的第一个快速而肮脏的方法 我运行了一段 Python 代码来获取矩阵 然后使用这个 R

  • 闪亮的本地部署错误：输入字符串 1 无效 UTF-8

    我很惊讶地发现一个突然的错误 我的 ShinyApp 停止工作并出现未知错误 提示 输入字符串 1 无效 UTF 8 即使在昨天 该应用程序也可以正常运行 但是突然停止了 下面是我运行时的错误描述runApp gt runApp Liste

  • RQuantLib 包不适用于 R 3.5.0

    有没有其他人尝试加载 R 3 5 0 的 RQuantLib 包 我尝试过 以前有效 install packages drat dependencies TRUE drat addRepo ghrr install packages RQ

  • curve_fit 的限制值（scipy.optimize）

    我正在尝试使用 curve fit 使用以下函数作为输入将逻辑增长曲线拟合到我的数据 def logistic x y0 k d a b if b gt 0 and a gt 0 y k pow 1 np exp d a b x 1 b y

  • 根据R中的特定行值将数据帧拆分为多个数据帧

    我需要根据数据帧中重复出现的标题行将数据帧拆分为 17 872 个数据帧 我需要将新创建的数据框存储在列表中 我的数据框看起来像 0 1 2 32 Alert Type Response 33 w1 x1 y1

  • 基于多列重新编码数据框列[重复]

    这个问题在这里已经有答案了 如何根据其他列的值重新编码列 假设我有以下数据框 我想重新编码df Col3使得该值为 0 如果df Col1 x and df Col2 a gt df lt data frame a c rep x 3 re

  • 计算带状矩阵的 colCumsums 的更快替代方案

    我是 R 和 stats 的新手 在我当前工作的领域中 我需要以独特的方式计算累积列总和 最初提供宽度为 b 行数为 n 的方带矩阵 例如 n 8 且 b 3 0 1 2 7 0 0 0 0 0 0 3 6 7 0 0 0 0 0 0 3

  • 如何合并具有相同列名的数据框

    我有一个数据框 如下所示 structure list Variables structure list ADA ADA LEAD LEAD BIG4 BIG4 LOGMKT LOGMKT LEV LEV ROA ROA ROAL ROAL

  • 在前两个冒号上分割字符串

    我想在前两个冒号上拆分一列字符串 但不在任何后续冒号上拆分 my data lt read table text my string some data 123 34 56 78 100 87 65 43 21 200 a4 b6 c888

  • R中的引用调用（使用函数修改对象）

    我刚刚接触 R 很惊讶地发现函数不会修改对象 至少看起来这是默认的 例如 我编写了一个函数 只是为了在表格中的一个标签上粘贴一个星号 它在函数内部工作 但表本身没有改变 我主要来自Ruby 那么 在 R 中使用函数更改对象的正常 可接受的方

  • R 中的金字塔图

    对于示例数据集 我按国家 地区创建了一个金字塔图 显示人口中男性和女性超重的水平 library plotrix xy males overweight lt c 23 2 33 5 43 6 33 6 43 5 43 5 43 9 33

  • 将整数“20160119”转换为“日”“年”“月”的不同列

    如何将一列整数转换为日期 DATE PRCP 1 19490101 25 2 19490102 5 3 19490118 18 4 19490119 386 5 19490202 38 到这样的表 days month years PRCP

  • rle 命令帮助

    我在使用 rle 命令时遇到了一些麻烦 该命令旨在找到参与者连续达到 8 个连续参与者的点 例如 如果 x lt c 0 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 我想返回值 11 感谢 DWin 我一直在使用这段代码 which rle

  • 在 R 中按邮政编码绘制美国地图上的点，并插入阿拉斯加和夏威夷

    我正在尝试以密度点格式在美国地图上绘制点 其中每个邮政编码的点的大小根据该邮政编码中从事某种职业的人数而定 我已经非常接近我需要的东西 但正在努力获取阿拉斯加和夏威夷的坐标 它们需要在插图上 这里的第一组代码是我所拥有的 loc full2

  • R tidyr regex：从字符列中提取有序数字

    假设我有一个像这样的数据框 df lt data frame x c This script outputs 10 visualizations This script outputs 1 visualization This script

  • ggplot多个时间不等的时间序列

    我知道有一些与时间序列和多个数据帧相关的已回答问题 但我似乎无法弄清楚这一点 我想绘制 4 个不同压力传感器与时间的时间戳数据 pa 列 我有来自同一实验的 4 个带时间戳的压力读数 dfs 然而 由于传感器故障和数据中的其他信号 传感器收

  • 如何更改 R Markdown HTML 文档中目录的颜色和属性？

    我花了很多时间谷歌搜索这个 但似乎无法弄清楚 我正在使用 R Markdown 制作 HTML 文档 文档在这里 http rmarkdown rstudio com html document format html http rmark

  • 在r中的数据框中循环线性回归输出

    我有一个下面的数据集 我想在其中对每个国家和州进行线性回归 然后绑定数据集中的预测值 添加另外三列后的最终数据框 我已经对一个国家和一个地区进行了此操作 但想对每个国家和地区进行此操作 并将预测值 上限值和下限值放回到cbind的数据集中

  • R 中的多面点阵图，例如线框：如何删除条带并添加 1 行字幕

    我使用这种功能 来自iris数据集 model test lt lm Sepal Length Petal Length Sepal Width Petal Width Species 2 data iris gg lt expand gr

随机推荐

热门标签