在哪里定义与 fitdist (fitdistrplus) 或 fitdistr (MASS) 一起使用的分布函数？

我想定义自己的分布函数，与 R 中的 fitdist 或 fitdistr 函数一起使用。 以 fitdistrplus 包中的 fitdist 为例。我定义了一个名为 sgamma 的自定义分布，如下所示：

dsgamma<-function(x,shape){return(dgamma(x,shape,scale=1));}
qsgamma<-function(p,shape){return(qgamma(p,shape,scale=1));}
psgamma<-function(q,shape){return(pgamma(q,shape,scale=1));}
rsgamma<-function(n,shape){return(rgamma(n,shape,scale=1));}

我的问题是我应该在哪里定义这些函数。

如果上面的定义和声明是在顶层环境中进行的，那么我可以使用这个分布函数调用 fitdist 。换句话说，我的脚本 test1.R 包含以下内容将运行得很好：

rm(list=ls())
require(fitdistrplus);
dsgamma<-function(x,shape){return(dgamma(x,shape,scale=1));}
qsgamma<-function(p,shape){return(qgamma(p,shape,scale=1));}
psgamma<-function(q,shape){return(pgamma(q,shape,scale=1));}
rsgamma<-function(n,shape){return(rgamma(n,shape,scale=1));}
x<-rgamma(100, shape=0.4, scale=1);
zfit<-fitdist(x, distr=dsgamma, start=list(shape=0.3));

现在，如果我将上面的代码包装在一个函数中，它就不起作用了。参见下面的test2.R：

rm(list=ls())
testfit<-function(x)
{
    require(fitdistrplus);
    dsgamma<-function(x,shape){return(dgamma(x,shape,scale=1));}
    qsgamma<-function(p,shape){return(qgamma(p,shape,scale=1));}
    psgamma<-function(q,shape){return(pgamma(q,shape,scale=1));}
    rsgamma<-function(n,shape){return(rgamma(n,shape,scale=1));}
    zfit<-fitdist(x, distr=dsgamma, start=list(shape=0.3));
    return(zfit);
}

x<-rgamma(100, shape=0.4, scale=1);
zfit<-testfit(x);

我收到以下错误：

Error in fitdist(x, distr = dsgamma, start = list(shape = 0.3)) : 
  The  dsgamma  function must be defined

请注意，如果我替换，我仍然会收到错误

zfit<-fitdist(x, distr=dsgamma, start=list(shape=0.3));

with

zfit<-fitdist(x, distr="sgamma", start=list(shape=0.3));

我想关键问题是 fitdist 在哪里寻找参数 distr 指定的函数。我将衷心感谢您的帮助。

很好的问题。造成此错误的原因是该文章的作者fitdistrplus封装使用exists()检查函数所需参数的变化。

以下是代码的摘录fitdist and mledist功能。作者将给出的值取为distr并在全球环境和环境中寻找适当的密度和概率函数fitdist and mledist被定义。

if (!exists(ddistname,mode="function"))
    stop(paste("The ", ddistname, " function must be defined"))
pdistname <- paste("p", distname, sep = "")
if (!exists(pdistname,mode="function"))
    stop(paste("The ", pdistname, " function must be defined"))

这是exists如何工作的摘录：

该函数查看名称“x”是否有绑定的值 在指定的环境中。如果“inherits”为“TRUE”并且有一个值 在指定环境中未找到“x”，封闭的 搜索环境的框架，直到名称“x”被找到 遭遇。请参阅“环境”和“R 语言定义” 手册了解有关环境结构及其的详细信息 外壳。

要了解有关存在原因使您的函数失败的更多信息，请查看本文：http://adv-r.had.co.nz/Environments.html

本质上， fitdist 和 mledist 不会在您正在创建的函数的环境中进行搜索，从而给出 dsgamma （以及您定义的其他函数）不存在的错误。

这可以通过使用最容易地规避<<-代替<-定义 testfit() 中的函数。这将在全局范围内定义您的子函数。

 > testfit<-function(x)
 +     {
 +             require(fitdistrplus);
 +                 dsgamma<<-function(x,shape){return(dgamma(x,shape,scale=1))}
 +                 qsgamma<<-function(p,shape){return(qgamma(p,shape,scale=1))}
 +                 psgamma<<-function(q,shape){return(pgamma(q,shape,scale=1))}
 +                 rsgamma<<-function(n,shape){return(rgamma(n,shape,scale=1))}
 +                 zfit<-function(x){return(fitdist(x,distr="sgamma" , start=list(shape=0.3)))};
 +                 return(zfit(x))
 +         }
!> testfit(x)
 Fitting of the distribution ' sgamma ' by maximum likelihood
 Parameters:
       estimate Std. Error
 shape 0.408349 0.03775797

您可以通过将 envir=parent.frame() 添加到存在检查中来更改 fitdist 的代码，以在函数的环境中进行搜索，如下所示，但我不建议这样做。

if (!exists(ddistname,mode="function",envir=parent.frame()))

但是，这仍然不能解决你的问题fitdist calls mledist and mledist有同样的问题。

 Error in mledist(data, distname, start, fix.arg, ...) (from #43) :
   The  dsgamma  function must be defined

要采用这种方法，您必须改变mledist以及告诉它在parent.frame中搜索fitdistr。每次加载库时都必须进行这些更改。