将 JavaScript 保存在单独的文件中，将 CSS 保存在单独的文件中，并从 HTML 中引用它们。这些引用文件相对于 HTML 的顺序并不重要。至于 PHP，我不会太担心它与 HTML 混合在一起（只需将函数、类和其他脚本保存在单独的文件中，并将它们与 PHP 一起包含在标头中）。
如果每个页面上的 CSS 相同，则拥有一个可缓存的外部文件有助于节省带宽。如果针对不同的元素类型在 HTML 中混合了不同的规则，则可能会产生一些冲突，但如果重写它，它最终会变得更加清晰，并且以后更易于维护。
我喜欢保持这样的文件结构：
index.php
/css
main.css
othercssfiles.css
/javascript
main.js
otherjsfiles.js
/template
header.php
footer.php
/scripts
functions.php
otherscripts.php
然后，在我的头文件中，我将引用 CSS 和 JavaScript 目录中的文件放置 HTML 代码。在根目录中我的index.php文件会include();页眉位于顶部，页脚位于底部。
otherjsfiles.js and othercssfiles.css可用于单个页面可能有特定要求的情况，需要大量大多数其他页面不需要的 CSS 和 JavaScript。这意味着其他页面不需要获取不必要的数据，并且它将页面特定代码与整个站点的代码分开。
我发现这是一种跟踪组成 HTML 页面的代码的各个方面的简单方法，但自然地，您会找到对您有意义的组织方法。
Edited:
如果有多个 JavaScript 和 CSS 文件
被引用，如何包含
在单个或标签中？
最好将它们合并到一个文件中以节省 HTTP 请求（这需要时间）。然后您只需像平常一样包含这些 CSS 和 JavaScript 文件即可。
<script type="text/javascript" src="/javascript/main.js"></script>
<link rel="stylesheet" href="/css/main.css">
此外，您似乎可以使用CSS美化器 http://www.codebeautifier.com/为了可读性，JavaScript 美化器 http://blog.djh5e.org/wp-content/jsf.html为了可读性和JavaScript 压缩器 http://fmarcia.info/jsmin/test.html当您读完它（保留可读版本）并想要节省带宽时。当您正在维护不是您创建的网站时，这些工具特别有用。
