如何使用 GDB 在 Emacs 中调试 R 包(带有 C 代码)?

2023-12-29

我目前正在编写一个 R 包并通过以下方式使用编译的 C++ 代码RcppR 中的包(对于像我这样的非程序员来说,Rcpp 使 R 和 C++ 代码的交互更容易,恕我直言)。

我想使用 gdb 调试 C++ 程序中的一些错误。我用 google 搜索了一下,主要发现了一些关于在 emacs 中调试 R 的资源,R-FAQ http://cran.r-project.org/doc/FAQ/R-FAQ.html#Should-I-run-R-from-within-Emacs_003f, 几封邮件here http://comments.gmane.org/gmane.comp.lang.r.rcpp/1436,当然还有 R 的编写 R 扩展手册。

然而,我是第一次这样做,我不能走得太远。谁能给我一些关于如何在 emacs 中调试 R 包(或 C++/C 代码扩展)的指导。具体来说,我想利用将 ESS 与 R 结合使用以及将 gdb 与 Emacs 结合使用的优势(正如 R-FAQ 中所述)。

请注意,我很了解如何使用 gdbonlyC 或 C++ 程序。但我无法将这些知识转化为使用带有 R 和扩展的 gdb。


您可以利用 RInside(Rcpp 的绝佳伴侣)将问题转化为纯 C++ 开发和调试任务,从而利用调试 C++ 程序的现有知识。

Write a main()使用 RInside 创建 R 实例的 C++ 函数,执行设置测试用例的 R 代码(或源 R 脚本),然后从 main() 调用被测函数,例如

#include <Rcpp.h>
#include <RInside.h>
#include "function_under_test.h"

int main(int argc, char *argv[]) 
{
    using namespace std;
    using namespace Rcpp;

    RInside R(argc, argv);

    string evalstr = R"(
        a <- matrix(c(1,1,1, 1,1,1, 1,1,1), nrow = 3, ncol=3)
    )";
    R.parseEvalQ(evalstr);

    SEXP a = R["a"];

    R["b"] = function_under_test(a);

    evalstr = R"(
        print(b)
    )";
    R.parseEvalQ(evalstr);

    return 0;
}

然后像往常一样使用 gdb 调试 C++ 程序,在中设置断点function_under_test() etc.

这样您就可以避免在 R 和 C++ 开发环境之间切换以及必须重新安装 R 包。

本文内容由网友自发贡献,版权归原作者所有,本站不承担相应法律责任。如您发现有涉嫌抄袭侵权的内容,请联系:hwhale#tublm.com(使用前将#替换为@)

如何使用 GDB 在 Emacs 中调试 R 包(带有 C 代码)? 的相关文章

  • 访问动态创建的 Shiny 模块的返回值

    我正在寻找构建一个闪亮的应用程序 它动态创建返回简单表单的模块 通过 callmodule 我有两个未解决的问题 希望得到一些指导 首先 当向用户提供多个表单 通过单击按钮 时 先前呈现的表单上的值将恢复为默认值 如何停止这种行为 以便值保
  • 当我用一个观察值运行回归时,为什么“fastLm()”会返回结果?

    为什么fastLm 当我用一项观察进行回归时返回结果吗 下面为什么不lm and fastLm 结果相等吗 library Rcpp library RcppArmadillo library data table set seed 1 D
  • 为什么 GDB 启动一个新的 shell 以及如何禁用此行为?

    我正在解决一个问题 即从 GDB 启动应用程序会导致符号查找错误 但从 shell 启动它却可以 事实证明 每当你从 GDB 中启动一个程序时 它都会启动一个新的 shell 从而覆盖我在启动 GDB 之前设置的所有环境变量 例如LD LI
  • svyby比例的置信区间

    是否存在创建置信区间的现有函数 从一个svyby比例对象 在我的例子中 是一个二进制项目的交叉表survey包裹 我经常比较各组之间的比例 如果有一个可以提取置信区间的函数 使用调查函数svyciprop而不是confint 下面的示例显示
  • R 编程中的字符串分割

    目前 下面的脚本将组合的项目代码拆分为特定的项目代码 rule2 lt c MR df 1 lt test grep paste rule2 sep collapse test Name y SpaceName 1 lt function
  • 在 R 中捕获段错误

    我得到了caught segfault每次我尝试从以下位置运行任何绘图函数时都会出错ggplot2包 1 0 0 我已经尝试过这个qplot geom dotplot geom histogram等来自包的数据 例如diamonds or
  • R:计算自上次出现某个值以来的累积总和和计数

    给定简化数据 set seed 13 user id rep 1 2 each 10 order id sample 1 20 replace FALSE cost round runif 20 1 5 75 1 category samp
  • 如何使用 R 或 PowerShell 从文本文件中提取数据?

    我有一个包含如下数据的文本文件 This is just text Username SOMETHI C Text Account DFAG Finish time 1 JAN 2011 00 31 58 91 Process ID 202
  • 准备编程竞赛的缩写和函数[关闭]

    就目前情况而言 这个问题不太适合我们的问答形式 我们希望答案得到事实 参考资料或专业知识的支持 但这个问题可能会引发辩论 争论 民意调查或扩展讨论 如果您觉得这个问题可以改进并可能重新开放 访问帮助中心 help reopen questi
  • 获取所有参数作为列表

    R 是否提供对象 函数 方法 关键字来获取所有函数参数 使用一个例子 function a b default 会提供a and b也 在函数环境内 有没有类似的说法list 这还包括a and b在结果中 或者换一种方式 简写list a
  • 如何使用 ggplot2 绘制 NA 间隙

    在 R 的基本绘图中 如果数据系列 ggplot2 中存在 NA 则会绘制间隙 举个例子看看 df data frame x c 1 10 y c 1 10 df 5 7 NA plot df type l 但是 ggplot2 删除了缺失
  • 指定生存图的自定义时间点

    我正在努力使用以下方法创建生存 累积事件图ggsurvplot函数从survminer包裹 我想为我的绘图指定自定义时间点 但我不知道该怎么做 这xlim and break x by参数有点帮助 但它们创建了均匀间隔的时间点和比我想要的更
  • 如何在 R 中绘制预测的子集?

    我有一个简单的 R 脚本来根据文件创建预测 自 2014 年以来就有数据记录 但我在尝试实现以下两个目标时遇到了困难 仅绘制预测信息的子集 从 11 2017 开始 以特定格式包含月份和年份 即 6 月 17 日 这是链接到dataset
  • R CMD 检查警告:在文档对象中使用的函数/方法...但不在代码中

    我正在写一个包 但一个持久的R CMD check警告阻止我完成包裹并将其发布到 CRAN 我用roxygen2对于内联文档 尽管这可能不是错误的根本原因 如果您知道如何删除此警告 我很可能可以找到一种方法来使用roxygen2 如何删除警
  • Mac OS X 10.13 上的 RStudio 在尝试使用 fix() 时出现 X11 不可用错误

    我已经使用自制程序在我的计算机上安装了 XQuartz 然后重新启动了我的计算机 当我尝试在 RStudio 中使用 fix 命令时 出现以下错误 gt College read csv College csv header T na st
  • R 中 x 轴曲线的阴影面积

    所以我有一个位于 x 轴下方和上方的图表 并且想要对线和 0 之间的区域进行着色 在这里 我尝试使用多边形函数 但它只给出曲线下的面积 plot year difference1 type l polygon year difference
  • 如何在environment.yml中安装CRAN包

    我正在使用 miniconda 来管理数据科学包的安装 这是我现在已经建立的工作流程 所以我希望它也能在这种情况下工作 我也认为它可以工作 因为它应该在这样的情况下有所帮助 比纯 python 需要更多的依赖项 我想安装pythonCDT工
  • 如何在主图区域之外的 ggplot2 中添加多个标题

    我想为页脚添加两个标题 但 ggplot 似乎只需要 1 是否有解决方法可以将注释或 geom text 添加到左下角和右下角 library ggplot2 p lt ggplot mtcars aes x wt y mpg geom p
  • 为“facet_wrap”中的每列创建边框和标题

    我想在每个方面周围放置带有标签和标题的黑色边框facet wrap 与此类似的东西 样本数据 library tidyverse mtcars gt mutate gear factor gear levels c 4 3 5 gt ggp
  • 如何在 R 树形图中省略标签?

    我一直在使用R 树形图包 http cran r project org web packages treemap treemap pdf我有一个 2 层深的树形图 我希望打印第二级标签 但不打印第一级标签 使用手册页中的示例 tmPlot

随机推荐