我有用 Java 编写的集群代码，我可以从中创建嵌套树结构，例如下面显示了树的一小部分，其中两个“isRetired”对象在第一次迭代中聚集在一起，并且该组在第五次迭代中与“setIsRequired”聚集在一起。簇中对象之间的距离显示在括号中。
|+5 (dist. = 0.0438171125324851)
|+1 (dist. = 2.220446049250313E-16)
|-isRetired
|-isRetired
|-setIsRetired
我更喜欢以更传统的树状图风格呈现我的结果，看起来 R 有一些不错的功能，但因为我对 R 知之甚少，所以我不清楚如何利用它们。
我是否可以从 Java 将树结构写入文件，然后用几行 R 代码生成树状图？从 R 程序中，我想做类似的事情：
- 从文件读入数据结构（“hclust”对象？）
- 将数据结构转换为树状图（使用“as-dendrogram”？）
- 使用“plot”显示树状图
我想问题归结为 R 是否提供了一种从文件读取并将字符串输入转换为 (hclust) 对象的简单方法。如果是这样，输入文件中的数据应该是什么样子？
我想你正在寻找的是phylog http://pbil.univ-lyon1.fr/ADE-4/ade4-html/phylog.html。您可以使用 Newick 表示法将树打印在文件中，对其进行解析并构造一个可以轻松可视化的系统日志对象。网页末尾给出了如何执行此操作的示例。您可能还想考虑系统碱基 http://cran.r-project.org/web/packages/phylobase/index.html。尽管您不需要这些包提供的全部功能，但您可以利用它们用来表示树及其绘图功能的构造。
编辑：看起来之前已经有人问过与您类似的问题here https://stackoverflow.com/questions/2310913/how-do-i-manually-create-a-dendrogram-or-hclust-object-in-r提供更简单的解决方案。因此，基本上，您需要在这里编写的唯一内容是您的 Newick 解析器或您想要从 Java 输出的任何其他表示形式的解析器。
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