Ubuntu 12.04 R install.packages() 不起作用。没有警告,不安装

2023-12-30

我正在运行 ubuntu 12.04 实例,并加载了 R3.0.2,但无法使用 install.packages() 来安装软件包。它下载了文件,但似乎没有安装它们。我在这里错过了什么吗?我在运行 ubuntu R 实例之前从未遇到过这个问题。顺便说一句,我尝试以 root 身份从命令行使用 sudo R 实例化该进程,但仍然没有警告,没有安装。顺便说一句,这个问题在我尝试安装的所有软件包中都是一致的。

这是一个例子:

> install.packages("dataview")
Installing package into ‘/home/ubuntu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0’
(as ‘lib’ is unspecified)
also installing the dependency ‘xtermStyle’

trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/xtermStyle_2.2-4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 15265 bytes (14 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 14 Kb

trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/dataview_1.4-8.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 10696 bytes (10 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 10 Kb


The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/Rtmp6FevA0/downloaded_packages’
> library(dataview)
Error in library(dataview) : there is no package called ‘dataview’ 

无论如何,我使用以下 shell 命令安装了 R

#remove old versions
sudo apt-get remove r-base-core
#Adding deb to sources.list
sudo nano /etc/apt/sources.list    
deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu precise/

# Add key to sign CRAN packages
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
#Add specific PPA to the system
sudo add-apt-repository ppa:marutter/rdev
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
#installing
sudo apt-get install r-base
sudo apt-get install r-base-dev

预先感谢您的任何帮助。


终于(!!!)弄清楚了。这是安装Apache2时mongodb和R的install.packages()命令之间的冲突(通过lamp,我还没有确认其他安装)。为了解决只需运行

sudo service mongodb stop

在 shell 上,然后进入 R 并安装软件包。安装所需的软件包后,您可以重新启动 mongo 服务器。希望这对某人有帮助。要重现“错误”(我知道,我知道 - 不是真正的错误),请使用以下配置在 EC2 上创建一个框(尽管我认为该问题并非 EC2 独有):

#install mongodb:
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv 7F0CEB10
echo 'deb http://downloads-distro.mongodb.org/repo/ubuntu-upstart dist 10gen' | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/10gen.list
sudo apt-get update
sudo apt-get install mongodb-10gen

#install lamp server:
sudo tasksel #get lamp and openssh 

#install R
sudo nano /etc/apt/sources.list   
deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu precise/
gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9
gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -
sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base
sudo R

内部R:

install.packages("dataview") #或任何包

软件包将下载,但不会安装,如上面原始帖子中所述。

要解决此问题,只需在 shell 上停止 mongo 服务器即可

sudo service mongodb stop

返回 R 并安装软件包,然后返回 shell 并重新启动服务器。任何有关导致冲突的原因的说明(或者在一般情况下调试此类问题,而不是在整个过程中逐步重试命令)将不胜感激。请注意,如果仅运行 mongodb 服务器而未安装 Apache,则 install.packages() 命令可以正常工作,但停止 Apache 服务器并不能解决冲突。

作为参考,这是一个 Ubuntu 12.04 64 位实例,带有 R 3.0.2、Mongodb-10gen 和 Apache2。

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