从 bash 脚本中生成并执行 R、Python 等脚本

一段时间以来我一直在尝试寻找解决方案，但尚未找到令人满意的解决方案。我编写了很多 bash 脚本，但有时我想使用 R 或 Python 作为脚本的一部分。现在，我最终不得不编写两个脚本；原始的 bash 脚本执行前半部分任务，而 R 或 Python 脚本执行后半部分任务。我从 bash 脚本中调用 R/Python 脚本。

我对这个解决方案不满意，因为它将我的程序拆分为两个文件，这增加了事情不同步、需要跟踪更多文件等的可能性。有没有一种方法可以编写包含全部内容的文本块我的 R/Python 脚本，然后让 bash 将其吐出到一个文件中并向其传递参数并执行它？有更简单的解决方案吗？这比将简单的单行代码传递给 R/Python 更复杂，因为它通常涉及通过几个步骤创建和操作对象。

可能有很多解决方案，但这个有效：

#!/bin/bash
## do stuff
R --slave <<EOF
  ## R code
  set.seed(101)
  rnorm($1)
EOF

如果您希望灵活地将额外的 bash 参数传递给 R，我建议：

#!/bin/bash
## do stuff
R --slave --args $@ <<EOF
  ## R code
  set.seed(101)
  args <- as.numeric(commandArgs(trailingOnly=TRUE))
  do.call(rnorm,as.list(args))
EOF

• 这允许灵活数量的参数，但假设它们都是数字
• 它还假设所有参数都将从 bash 脚本传递到 R 子脚本

显然你可以放松这些，例如按位置引用参数