将一个文件的内容以换行符分隔附加到另一个文件

我想，我正在尝试复制cat以与平台无关的方式使用 Linux shell 的功能，这样我就可以获取两个文本文件并按以下方式合并它们的内容：

file_1 包含：

42 bottles of beer on the wall

file_2 包含：

Beer is clearly the answer

合并文件应包含：

42 bottles of beer on the wall  
Beer is clearly the answer

然而，我读过的大多数技术最终都会产生：

42 bottles of beer on the wallBeer is clearly the answer

另一个问题是，我想要使用的实际文件是非常大的文本文件（FASTA 格式的蛋白质序列文件），因此我认为大多数逐行读取的方法效率低下。因此，我一直在尝试使用解决方案shutil， 如下：

def concatenate_fasta(file1, file2, newfile):
    destination = open(newfile,'wb')
    shutil.copyfileobj(open(file1,'rb'), destination)
    destination.write('\n...\n')
    shutil.copyfileobj(open(file2,'rb'), destination)
    destination.close()

然而，这会产生与之前相同的问题，除了中间有“...”之外。显然，换行符被忽略，但我不知道如何正确管理它。

非常感激任何的帮助。

EDIT:

我尝试了 Martijn 的建议，但是line_sep返回值是None，当函数尝试将其写入输出文件时，它会引发错误。我现在已经通过os.linesep提到的不太理想的方法如下：

with open(newfile,'wb') as destination:
    with open(file_1,'rb') as source:
        shutil.copyfileobj(source, destination)
    destination.write(os.linesep*2)
    with open(file_2,'rb') as source:
        shutil.copyfileobj(source, destination)
    destination.close()

这为我提供了所需的功能，但我仍然对为什么（看似更优雅的）解决方案失败感到有点困惑。

您已以二进制模式打开文件，因此不会发生换行转换。不同的平台使用不同的行结尾，如果您使用的是 Windows\n is not enough.

最简单的方法是写os.linesep http://docs.python.org/2/library/os.html#os.linesep here:

destination.write(os.linesep + '...' + os.linesep)

但是这个could违反文件中使用的实际换行约定。

更好的方法是以文本模式打开文本文件，读取一两行，然后检查file.newlines属性 http://docs.python.org/2/library/stdtypes.html#file.newlines查看该文件的约定是什么：

def concatenate_fasta(file_1, file_2, newfile):
    with open(file_1, 'r') as source:
        next(source, None)  # try and read a line
        line_sep = source.newlines
        if isinstance(line_sep, tuple):
            # mixed newlines, lets just pick the first one
            line_sep = line_sep[0]

    with open(newfile,'wb') as destination
        with open(file_1,'rb') as source:
            shutil.copyfileobj(source, destination)
        destination.write(line_sep + '...' + line_sep)

        with open(file_2,'rb') as source:
            shutil.copyfileobj(source, destination)

您可能想测试file_2同样，如果使用的换行符约定与第一个文件不匹配，可能会引发异常。