对密度曲线下方的区域进行阴影处理，以标记最高密度区间 (HDI)

我认为这应该很简单，但尽管网上有大量信息，我还是迷失了。

我的问题：我有一个数据点向量，我想为其绘制密度曲线，然后为曲线下方的区域着色以表示最高密度区间 (HDI)。当然，我正在努力实现这一目标ggplot2包，特别是qplot()，因为我的数据是向量，而不是数据框。

可重复的例子

library(ggplot2)
library(HDInterval)

## create data vector
set.seed(789)
dat <- rnorm(1000)

## plot density curve with qplot and mark 95% hdi
qplot(dat, geom = "density")+ 
  geom_vline(aes(xintercept = c(hdi(dat))))

所以我明白了：

但我真正想要的是这样的：

有没有一种简单的方法可以实现这一点ggplot2::qplot?

您可以使用 ggridges 包来完成此操作。诀窍是我们可以提供HDInterval::hdi作为分位数函数geom_density_ridges_gradient()，我们可以用它生成的“分位数”来填充。 “分位数”是下尾、中尾和上尾的数字。

作为一般建议，我建议不要使用qplot()。它更可能会引起混乱，并且将向量放入小标题中并不需要付出很大的努力。

library(tidyverse)
library(HDInterval)
library(ggridges)
#> 
#> Attaching package: 'ggridges'
#> The following object is masked from 'package:ggplot2':
#> 
#>     scale_discrete_manual

## create data vector
set.seed(789)
dat <- rnorm(1000)

df <- tibble(dat)

## plot density curve with qplot and mark 95% hdi
ggplot(df, aes(x = dat, y = 0, fill = stat(quantile))) + 
  geom_density_ridges_gradient(quantile_lines = TRUE, quantile_fun = hdi, vline_linetype = 2) +
  scale_fill_manual(values = c("transparent", "lightblue", "transparent"), guide = "none")
#> Picking joint bandwidth of 0.227

^{Created on 2019-12-24 by the reprex package https://reprex.tidyverse.org (v0.3.0)}

中的颜色scale_fill_manual()按照三组的顺序，因此，例如，如果您只想对左尾进行着色，您可以写values = c("lightblue", "transparent", "transparent").