使用以下代码,我想>打开一个文件>读取内容并删除不需要的行>然后将数据写入文件并读取文件以进行下游分析。
with open("chr2_head25.gtf", 'r') as f,\
open('test_output.txt', 'w+') as f2:
for lines in f:
if not lines.startswith('#'):
f2.write(lines)
f2.close()
现在,我想读取 f2 数据并在 pandas 或其他模块中进行进一步处理,但在读取数据时遇到问题(f2
).
data = f2 # doesn't work
print(data) #gives
<_io.TextIOWrapper name='test_output.txt' mode='w+' encoding='UTF-8'>
data = io.StringIO(f2) # doesn't work
# Error message
Traceback (most recent call last):
File "/home/everestial007/PycharmProjects/stitcher/pHASE-Stitcher-Markov/markov_final_test/phase_to_vcf.py", line 64, in <module>
data = io.StringIO(f2)
TypeError: initial_value must be str or None, not _io.TextIOWrapper
文件已经关闭(当前一个with
块完成),因此您无法对该文件执行任何其他操作。要重新打开文件,请创建另一个 with 语句并使用read
属性来读取文件。
with open('test_output.txt', 'r') as f2:
data = f2.read()
print(data)
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