如何读取/打印(_io.TextIOWrapper)数据?

2024-01-07

使用以下代码,我想>打开一个文件>读取内容并删除不需要的行>然后将数据写入文件并读取文件以进行下游分析。

with open("chr2_head25.gtf", 'r') as f,\
    open('test_output.txt', 'w+') as f2:
    for lines in f:
        if not lines.startswith('#'):
            f2.write(lines)
    f2.close()

现在,我想读取 f2 数据并在 pandas 或其他模块中进行进一步处理,但在读取数据时遇到问题(f2).

data = f2 # doesn't work
print(data) #gives
<_io.TextIOWrapper name='test_output.txt' mode='w+' encoding='UTF-8'>

data = io.StringIO(f2)  # doesn't work
# Error message
Traceback (most recent call last):
  File "/home/everestial007/PycharmProjects/stitcher/pHASE-Stitcher-Markov/markov_final_test/phase_to_vcf.py", line 64, in <module>
data = io.StringIO(f2)
TypeError: initial_value must be str or None, not _io.TextIOWrapper

文件已经关闭(当前一个with块完成),因此您无法对该文件执行任何其他操作。要重新打开文件,请创建另一个 with 语句并使用read属性来读取文件。

with open('test_output.txt', 'r') as f2:
    data = f2.read()
    print(data)
本文内容由网友自发贡献,版权归原作者所有,本站不承担相应法律责任。如您发现有涉嫌抄袭侵权的内容,请联系:hwhale#tublm.com(使用前将#替换为@)

如何读取/打印(_io.TextIOWrapper)数据? 的相关文章

  • 2d 图像点和 3d 网格之间的交点

    Given 网格 源相机 我有内在和外在参数 图像坐标 2d Output 3D 点 是从相机中心发出的光线穿过图像平面上的 2d 点与网格的交点 我试图找到网格上的 3d 点 This is the process From Multip
  • 通过 boto3 承担 IAM 用户角色时访问被拒绝

    Issue 我有一个 IAM 用户和一个 IAM 角色 我正在尝试将 IAM 用户配置为有权使用 STS 承担 IAM 角色 我不确定为什么收到 访问被拒绝 错误 Details IAM 角色 arn aws iam 123456789 r
  • Flask中使用的路由装饰器是如何工作的

    我熟悉 Python 装饰器的基础知识 但是我不明白这个用于 Flask 路由的特定装饰器是如何工作的 以下是 Flask 网站上的代码片段 from flask import Flask escape request app Flask
  • 使用 pandas.date_range() 生成多个日期时间,每周两个日期

    我在用着pd date range start date end date freq W MON 每周一生成每周频率日期时间start date 2017 01 01 and end date 2017 12 31 这意味着每月大约生成 4
  • Tkinter 菜单删除项

    如何删除任何菜单项 例如我想删除 播放 self menubar Menu self root self root config menu self menubar self filemenu2 Menu self menubar self
  • 从字典的元素创建 Pandas 数据框

    我正在尝试从字典创建一个 pandas 数据框 字典设置为 nvalues y1 1 2 3 4 y2 5 6 7 8 y3 a b c d 我希望数据框仅包含 y1 and y2 到目前为止我可以使用 df pd DataFrame fr
  • Python re无限执行

    我正在尝试执行这段代码 import re pattern r w w s re compiled re compile pattern results re compiled search COPRO HORIZON 2000 HOR p
  • 以类型化内存视图作为成员的结构定义

    目前我正在尝试让一个具有类型化内存视图的结构能够工作 例如 ctypedef struct node unsigned int inds 如果 inds 不是内存视图 据我所知 它可以完美地工作 然而 通过内存视图并使用类似的东西 def
  • 打印表数据mysql php

    我在尝试打印表格的一些数据时遇到问题 我是 php mysql 的新手 但我认为我的代码是正确的 这里是 h1 Lista de usu rios h1
  • 如何在 Python 中的函数入口、内部和退出处进行日志记录

    我希望能够使用 Python 日志记录工具在我的代码中进行简单且一致的日志记录 我能够执行以下操作 我希望所有现有 未来的模块和函数都有 输入 和 完成 日志消息 我不想添加相同的代码片段来定义日志记录参数 如下所示don t want t
  • 在Python中读取tiff标签

    我正在尝试用 Python 读取 tiff 文件的标签 该文件是 RGB 的uint16每个通道的值 我目前正在使用tifffile import tifffile img tifffile imread file tif 然而 img是一
  • 不要包裹 span 元素

    我有一份清单 span 可以在 a 内左右移动的元素 div 元素 如果某些跨度超出了 div 它们应该被隐藏 这可以很好地使用overflow hidden 但是 如果跨度超出了 div 的容纳范围 跨度就会换行 这对于我的用例来说是不期
  • Python 2 的 `exceptions` 模块在 Python3 中丢失了,它的内容到哪里去了?

    一位朋友提到 对于 Python 2 假设您在命令行上的路径环境变量中有它 pydoc exceptions 非常有用 知道它应该可以为他每周节省几分钟的网络查找时间 我自己每周都会用谷歌搜索一次例外层次结构 所以这对我来说也是一个有用的提
  • 为什么在Python解释器中输入_会返回True? [复制]

    这个问题在这里已经有答案了 我的翻译行为非常奇怪 gt gt gt True gt gt gt type True
  • App Engine 实体到字典

    将 google app engine 实体 在 python 中 复制到字典对象的好方法是什么 我正在使用 db Expando 对象 所有属性均为扩展属性 Thanks 有一个名为foo尝试 foo dict
  • Flask 应用程序路由中的多个参数

    烧瓶怎么写app route如果我在 URL 调用中有多个参数 这是我从 AJax 调用的 URL http 0 0 0 0 8888 createcm summary VVV change Feauure 我试图写我的烧瓶app rout
  • 基于值而不是类型的单次调度

    我在 Django 上构建 SPA 并且有一个庞大的功能 其中包含许多功能if用于检查我的对象字段的状态名称的语句 像这样 if self state new do some logic if self state archive do s
  • 确定分割形状几何体的“左”侧和“右”侧

    我的问题是 我怎样才能确定哪一个Aside and Bside的侧面已经分割的旋转矩形几何体 http nbviewer jupyter org urls dl dropbox com s ll3mchnx0jwzjnf determine
  • PyInstaller“ValueError:源代码字符串不能包含空字节”

    我得到了一个ValueError source code string cannot contain null bytes执行命令时pyinstaller main py在具有和不具有管理员权限的cmd中 Traceback most re
  • 仅允许正小数

    在我的 Django 模型中 我创建了一个如下所示的小数字段 price models DecimalField u Price decimal places 2 max digits 12 显然 价格为负或零是没有意义的 有没有办法将小数

随机推荐