解析可选参数和非可选参数

我是 bash 的新手，在阅读并尝试了很多有关如何解析参数的内容后，我无法做我真正想做的事情，我想解析可选参数和非可选参数。更具体地说，我想解析 3 个参数，第一个（fastaq 文件）第二个（第二个可选 fastaq 文件）第三个参数将是一个目录。

my_script.sh -f1 file1.fasta --f2 file2.fasta -d/home/folder1/folder2 or

my_script.sh -f1 file1.fasta -d /home/folder1/folder2

我尝试了多种方法来做到这一点，但我不知道如何让程序识别何时有两个 fasta 文件和一个目录，以及何时只有一个 fasta 文件和一个目录。

通过这个参数，我想将它们保存在变量中，因为它们稍后将被第三方使用。

我已经尝试过这个：

for i in "$@"; do
 case $i in
   -f1=|-fasta1=)
     FASTA1="${i#=}"
     shift # past argument=value
     ;;
   -d) DIRECTORY=$2
  shift 2
     ;;
   -d=|-directory=) DIRECTORY="${i#=}"
   shift # past argument=value
     ;;
   --f2=|-fasta2=) FASTA2="${i#*=}"
    shift # past argument=value
     ;;
   *)
     ;;
 esac
done

但我刚刚得到这个

scripts_my_first_NGS]$ ./run.sh -f1 fasta.fasta -d /home/folder1
FASTA1  =
DIRECTORY     =
FASTA2     =

切勿自行解析命令行选项！

相反，可以使用 Bash 函数getopts https://www.gnu.org/software/bash/manual/html_node/Bourne-Shell-Builtins.html#index-getopts，如果你不需要GNU风格的长选项或者使用GNU程序getopt https://man7.org/linux/man-pages/man1/getopt.1.html否则。

以下示例使用数组FASTA. FASTA1 is ${FASTA[0]} and FASTA2 is ${FASTA[1]}。的情况下getopts这使得只使用一个选项字符成为可能（-f） 多次。

Using getopts只有一个字符的选项：

#! /bin/bash

FASTA=()
DIRECTORY=

while getopts 'f:d:' option; do
  case "$option" in
    f)
      FASTA+=("$OPTARG")
      ;;
    d)
      DIRECTORY="$OPTARG"
      ;;
    *)
      printf 'ERROR: Invalid argument\n' >&2
      exit 1
      ;;
  esac
done
shift $((OPTIND-1))

if [[ -z ${FASTA[0]} ]]; then
  printf 'ERROR: FASTA1 missing\n' >&2
  exit 1
fi

if [[ -z $DIRECTORY ]]; then
  printf 'ERROR: DIRECTORY missing\n' >&2
  exit 1
fi

printf 'FASTA1 = %s\n' "${FASTA[0]}"
printf 'FASTA2 = %s\n' "${FASTA[1]}"
printf 'DIRECTORY = %s\n' "$DIRECTORY"

Usage:

run -f file1.fasta -f file2.fasta -d /home/folder1/folder2

Using getopt混合使用单字符和 GNU 风格的长选项：

#! /bin/bash

FASTA=()
DIRECTORY=

options=$(getopt -o d: -l f1: -l f2: -- "$@") || {
  printf 'ERROR: Invalid argument\n' >&2
  exit 1
}
eval set -- "$options"

while true; do
  case "$1" in
    --f1)
      FASTA[0]="$2"
      shift 2;;
    --f2)
      FASTA[1]="$2"
      shift 2;;
    -d)
      DIRECTORY="$2"
      shift 2;;
    --)
      shift
      break;;
    *)
      break;;
  esac
done

if [[ -z ${FASTA[0]} ]]; then
  printf 'ERROR: FASTA1 missing\n' >&2
  exit 1
fi

if [[ -z $DIRECTORY ]]; then
  printf 'ERROR: DIRECTORY missing\n' >&2
  exit 1
fi

printf 'FASTA1 = %s\n' "${FASTA[0]}"
printf 'FASTA2 = %s\n' "${FASTA[1]}"
printf 'DIRECTORY = %s\n' "$DIRECTORY"

Usage:

run --f1 file1.fasta --f2 file2.fasta -d /home/folder1/folder2