Rcpp：无法打开共享对象文件

我正在尝试开发一个 R 包，它利用阵列火 https://github.com/arrayfire/arrayfire，感谢 Rcpp 库。 我已经开始编写示例代码（让我们将其命名为你好世界.cpp）看起来像这样：

#include <arrayfire.h>

// [[Rcpp::export]]
bool test_array_fire(){
    af::randu(1, 4);    
    return true;
}

然后，我尝试使用sourceCpp功能

Rcpp::sourceCpp('src/hello_world.cpp')

我的第一个惊喜是我必须手动设置一些标志（sourceCpp似乎忽略Makevars编译一段 C++ 代码时的配置）。 我用以下方法做到了：

Sys.setenv("PKG_CXXFLAGS"="-std=c++11")
Sys.setenv("PKG_CPPFLAGS"="-I/opt/arrayfire/include/")
Sys.setenv("PKG_LIBS"="-L/opt/arrayfire/lib64/ -laf")

但是，代码仍然无法正确编译。每次试验均以以下输出结束：

Error in 'dyn.load("/tmp/RtmpHaODIU/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu-1.0.2/sourcecpp_689c5adb8d/sourceCpp_14.so")':
unable to load shared object '/tmp/RtmpHaODIU/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu-1.0.2/sourcecpp_689c5adb8d/sourceCpp_14.so':
  libaf.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory

不幸的是，我找不到解决我的问题的方法（即使某些 Stack Overflow 问题提出的问题乍一看或多或少相似）。

我该如何修复它？

当 R 尝试加载共享对象文件时，该错误发生在该过程的最后阶段。这意味着在您设置的环境变量的帮助下编译和链接可以正常工作。但在最后一步运行时链接器不知道在哪里libaf.so.3位于。这是通常在操作系统级别进行的配置，例如在我的系统上

ralf@barra:~$ /sbin/ldconfig -p | grep libaf
        libafopencl.so.3 (libc6,x86-64) => /lib/libafopencl.so.3
        libafopencl.so (libc6,x86-64) => /lib/libafopencl.so
        libafcpu.so.3 (libc6,x86-64) => /lib/libafcpu.so.3
        libafcpu.so (libc6,x86-64) => /lib/libafcpu.so
        libaf.so.3 (libc6,x86-64) => /lib/libaf.so.3
        libaf.so (libc6,x86-64) => /lib/libaf.so

如果我尝试你的示例，它可以正常使用链接到的共享对象文件libaf:

ralf@barra:~$ ldd /tmp/RtmpcjY9dN/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu-1.0.2/sourcecpp_13d33790279c/sourceCpp_7.so | grep libaf
        libaf.so.3 => /lib/libaf.so.3 (0x00007f21037ed000)

我希望在您的情况下，第一个命令不会提供任何结果，第二个（调整后的）命令将导致“文件未找到”（？）错误。

有几种方法可以告诉运行时链接器库的位置：

• Edit /etc/ld.so.conf或者（更好）将文件放入/etc/ld.so.conf.d/, c.f. http://arrayfire.org/docs/installing.htm#Linux http://arrayfire.org/docs/installing.htm#Linux.
• Set LD_LIBRARY_PATH.
• Add -Wl,-rpath,/opt/arrayfire/lib64/ to PKG_LIBS
• 将 ArrayFire 安装到链接器默认搜索的目录中。这就是我正在做的事情，因为我从源代码编译并使用生成的 DEB 包 https://github.com/arrayfire/arrayfire/wiki/Build-Instructions-for-Linux#packaging.

As for Rcpp::sourceCpp不尊重Makevarsfile: 问题是你写的C++文件不能直接使用。相反，Rcpp 属性必须创建额外的包装函数，这是在临时目录中完成的。现在原则上可以复制Makevars文件也进入该目录。然而，人们通常在以下命令的帮助下设置这些变量：Rcpp::plugins and Rcpp::depends属性。例如，C++11 上的切换是使用// [[Rcpp::plugins(cpp11)]]。对于其他变量，您可以编写自己的插件或使用我提供的插件RcppArrayFire https://www.daqana.org/rcpparrayfire/.

但是，如果这是您的目标，我建议您从一个包开始。Rcpp::sourceCpp对于很多事情来说都很棒，但是在没有 R 包帮助的情况下与系统安装的库进行交互并不是其中之一。