我使用存储在单细胞实验测定中的单细胞 RNA-seq 数据，使用 R 中的 pheatmap 对约 11.3000 个表达基因（不是聚类样本）进行分层聚类，以显示数据的异质性。我需要输出图像为 2 x 4 英寸，这使得树状图变得模糊。是否可以减少用于树状图的线宽？我尝试通过gpar设置线宽，但它似乎没有改变
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R版本3.4.1 (2017-06-30)
平台：i386-w64-mingw32/i386（32位）
运行环境： Windows >= 8 x64 (build 9200)
pheatmap_1.0.8
R code
gpar(lwd = 0.5)
pheatmap(assay(sce.tpm), cellwidth = 10, cellheight= 0.009, fontsize = 5,
fontsize_row = 6, fontsize_col = 6,
scale = "row", cluster_cols = F, cluster_rows = T,
clustering_distance_rows = "euclidean", clustering_method = "average"
color = colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(256),
show_colnames = T, show_rownames = F)
您可以直接操作 pheatmap 调用返回的 gtable 对象。每个grob都有一个gp参数是一个gpar object.
library(pheatmap)
library(grid)
set.seed(42)
ph <- pheatmap(matrix(runif(100), nrow = 10), silent = TRUE)
ph$gtable$grobs[[1]]$gp <- gpar(lwd = 5)
ph$gtable$grobs[[2]]$gp <- gpar(col = 'blue')
png('pheatmap_gpar.png', height = 400, width = 400)
grid.newpage()
grid.draw(ph$gtable)
dev.off()
它生成以下聚类热图：
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