安装路径不可写R，无法更新包

我正在尝试使用他们网站上的代码将 Bioconductor 安装到 R 中。当我输入代码（见下文）时，我收到一条错误消息，指出某些软件包无法更新，安装路径不可写。

> ## try http:// if https:// URLs are not supported
> source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
Bioconductor version 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), ?biocLite for help
> biocLite()
BioC_mirror: https://bioconductor.org
Using Bioconductor 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), R 3.3.2 (2016-10-31).
installation path not writeable, unable to update packages: Matrix, mgcv,

survival

我可以通过转到软件包/安装软件包来安装这些软件包。

> utils:::menuInstallPkgs()
trying URL    'https://www.stats.bris.ac.uk/R/bin/windows/contrib/3.3/Matrix_1.2-8.zip'
Content type 'application/zip' length 2775038 bytes (2.6 MB)
downloaded 2.6 MB

trying URL 'https://www.stats.bris.ac.uk/R/bin/windows/contrib/3.3/mgcv_1.8-  16.zip'
Content type 'application/zip' length 2346257 bytes (2.2 MB)
downloaded 2.2 MB

trying URL     'https://www.stats.bris.ac.uk/R/bin/windows/contrib/3.3/survival_2.40-1.zip'
Content type 'application/zip' length 5109948 bytes (4.9 MB)
downloaded 4.9 MB

package ‘Matrix’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘mgcv’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘survival’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
    C:\Users\stxeb8\AppData\Local\Temp\Rtmp2tQZ4v\downloaded_packages

然后我可以转到包/加载包并成功加载它们并搜索并查看包是否在那里。

> local({pkg <- select.list(sort(.packages(all.available =   TRUE)),graphics=TRUE)
+ if(nchar(pkg)) library(pkg, character.only=TRUE)})
Loading required package: nlme
This is mgcv 1.8-16. For overview type 'help("mgcv-package")'.
> local({pkg <- select.list(sort(.packages(all.available = TRUE)),graphics=TRUE)
+ if(nchar(pkg)) library(pkg, character.only=TRUE)})
> local({pkg <- select.list(sort(.packages(all.available = TRUE)),graphics=TRUE)
+ if(nchar(pkg)) library(pkg, character.only=TRUE)})
> local({pkg <- select.list(sort(.packages(all.available =     TRUE)),graphics=TRUE)
+ if(nchar(pkg)) library(pkg, character.only=TRUE)})
> search()
[1] ".GlobalEnv"            "package:survival"      "package:mgcv"         
[4] "package:nlme"          "package:Matrix"        "package:BiocInstaller"
[7] "package:stats"         "package:graphics"      "package:grDevices"    
[10] "package:utils"         "package:datasets"      "package:methods"      
[13] "Autoloads"             "package:base"         

但是当我去安装bioconductor时，它给了我同样的错误消息，即Matrix、mgcv和survival无法更新。

> ## try http:// if https:// URLs are not supported
> source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
Bioconductor version 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), ?biocLite for help
> biocLite()
BioC_mirror: https://bioconductor.org
Using Bioconductor 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), R 3.3.2 (2016-10-31).
installation path not writeable, unable to update packages: Matrix, mgcv,
  survival

我该怎么做才能更新这些软件包以便安装 bioconductor？

一般来说，我建议不要更改系统文件夹中的权限，因为 R 应该无需额外的管理权限即可工作。

因此我同样建议不要安装软件包using管理权限，因为将来每次更新这些软件包时都需要这样做！

要回溯此问题并防止在将来的更新中将其最小化，您应该执行以下步骤：

1. 请注意哪些软件包无法更新（已在错误消息中显示）。
2. 使用以下命令找到安装所有 R 包的文件夹.libPaths()。这应该提供两个结果，一个是您的目的地主文件夹 and a 系统文件夹.

“/home/USER/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/X.X”“/usr/lib/R/library”

3. 安装软件包install.packages(c("PKG1", "PKG2", "PKG3")) or BiocManager::install(c("PKG1", "PKG2", "PKG3"))*
4. 仅当您具有管理员权限时：手动删除旧的包文件夹系统文件夹（“/usr/lib/R/library”），使用管理员权限 (sudo) 或输入具有管理员权限的 R最后一次并运行remove.packages(c("PKG1", "PKG2", "PKG3"), lib = "/usr/lib/R/library").

*如果安装路径有问题，请添加参数, lib = "/home/USER/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/X.X"到步骤 3 中的任一安装函数。此参数明确指出要安装在您的主文件夹中。

这种方法有一个问题，至少对于 Arch Linux 上的官方 R 存储库来说是这样：每当 R 更新时，更新的版本仍然包含系统文件夹中的包，没有管理权限就无法更新。因此，对于每次 R 更新，必须重复此过程。我特别看着你survival!!!

*编辑：值得注意的是biocLite不再推荐安装 BioConductor 软件包的工具。你应该使用生物管理器，位于官方 CRAN 存储库中（install.packages("BiocManager")).

**第二次编辑：由于这个答案仍然收到投票，我已经更新并清理了答案。