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在 debian VM 上为 Flask api 构建 Scikit-Learn 时出现问题

2024-01-15

我正在开发一个 Flask API 项目，您可以访问该 APIhere https://mdb.in.tu-clausthal.de/assessment-models/apidocs/。我在 Debian 11 VM 上部署了该项目，该虚拟机全局运行 python 3.9，但我制作了 3.7 venv，并且由于代码中的依赖关系，我的项目在该环境中运行。

部署后，正如您所看到的，API 运行时没有任何问题，并且 apache 中也没有错误，但是当我尝试使用应用程序的任何功能时，它无法正常工作，并且 apache 错误日志中的错误向我显示：构建 scikit-learn 时出现问题。


4] ERROR:app:Exception on /login [POST]
[wsgi:error] Traceback (most recent call last):
[Wed Mar 22 09:19:15.300434 2023] [wsgi:error]  File "/home/admin/decision-support-system/env3.7/lib/python3.7/site-packages/sklearn/__check_build/__init__.py", li>
[Wed Mar 22 09:19:15.300437 2023] [wsgi:error] from ._check_build import check_build  # noqa
[Wed Mar 22 09:19:15.300440 2023] [wsgi:error] ModuleNotFoundError: No module named 'sklearn.__check_build._check_build'
[Wed Mar 22 09:19:15.300442 2023] [wsgi:error]
[Wed Mar 22 09:19:15.300444 2023] [wsgi:error] During handling of the above exception, another exception occurred:
[Wed Mar 22 09:19:15.300446 2023] [wsgi:error] Traceback (most recent call last):
[Wed Mar 22 09:19:15.300450 2023] [wsgi:error]  File "/home/admin/decision-support-system/env3.7/lib/python3.7/site-packages/flask/app.py", line 2528, in wsgi_app
[Wed Mar 22 09:19:15.300452 2023] [wsgi:error]  response = self.full_dispatch_request()
[Wed Mar 22 09:19:15.300454 2023] [wsgi:error]    File "/home/admin/decision-support-system/env3.7/lib/python3.7/site-packages/flask/app.py", line 1825, in full_disp>
[Wed Mar 22 09:19:15.300457 2023] [wsgi:error]    rv = self.handle_user_exception(e)
[Wed Mar 22 09:19:15.300459 2023] [wsgi:error]  File "/home/admin/decision-support-system/env3.7/lib/python3.7/site-packages/flask/app.py", line 1823, in full_disp>
[Wed Mar 22 09:19:15.300461 2023] [wsgi:error]    rv = self.dispatch_request()
[Wed Mar 22 09:19:15.300463 2023] [wsgi:error]   File "/home/admin/decision-support-system/env3.7/lib/python3.7/site-packages/flask/app.py", line 1799, in dispatch_>
[Wed Mar 22 09:19:15.300465 2023] [wsgi:error]    return self.ensure_sync(self.view_functions[rule.endpoint])(**view_args)
[Wed Mar 22 09:19:15.300467 2023] [wsgi:error]   File "/home/admin/decision-support-system/app/api.py", line 546, in loginValidation
[Wed Mar 22 09:19:15.300469 2023] [wsgi:error]     from app.structure import machine_learning as starter
[Wed Mar 22 09:19:15.300471 2023] [wsgi:error]   File "/home/admin/decision-support-system/app/structure/machine_learning.py", line 8, in <module>
[Wed Mar 22 09:19:15.300473 2023] [wsgi:error]    from sklearn.compose import ColumnTransformer
[Wed Mar 22 09:19:15.300476 2023] [wsgi:error]    File "/home/admin/decision-support-system/env3.7/lib/python3.7/site-packages/sklearn/__init__.py", line 81, in <mod>
[Wed Mar 22 09:19:15.300478 2023] [wsgi:error]      from . import __check_build  # noqa: F401
[Wed Mar 22 09:19:15.300480 2023] [wsgi:error]  File "/home/admin/decision-support-system/env3.7/lib/python3.7/site-packages/sklearn/__check_build/__init__.py", li>
[Wed Mar 22 09:19:15.300494 2023] [wsgi:error]    raise_build_error(e)
[Wed Mar 22 09:19:15.300496 2023] [wsgi:error]    File "/home/admin/decision-support-system/env3.7/lib/python3.7/site-packages/sklearn/__check_build/__init__.py", li>
[Wed Mar 22 09:19:15.300498 2023] [wsgi:error] raise ImportError(
[Wed Mar 22 09:19:15.300500 2023] [wsgi:error]  ImportError: No module named &apos;sklearn.__check_build._check_build&apos;
[Wed Mar 22 09:19:15.300502 2023] [wsgi:error] ___________________________________________________________________________
[Wed Mar 22 09:19:15.300504 2023] [wsgi:error]  Contents of /home/admin/decision-support-system/env3.7/lib/python3.7/site-packages/sklearn/__check_build:
[Wed Mar 22 09:19:15.300507 2023] [wsgi:error] __pycache__               __init__.py               setup.py
[Wed Mar 22 09:19:15.300509 2023] [wsgi:error] _check_build.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so
[Wed Mar 22 09:19:15.300511 2023] [wsgi:error]  ___________________________________________________________________________
[Wed Mar 22 09:19:15.300513 2023] [wsgi:error]  It seems that scikit-learn has not been built correctly.
[Wed Mar 22 09:19:15.300515 2023] [wsgi:error]
[Wed Mar 22 09:19:15.300516 2023] [wsgi:error] If you have installed scikit-learn from source, please do not forget
[Wed Mar 22 09:19:15.300518 2023] [wsgi:error]  to build the package before using it: run `python setup.py install` or
[Wed Mar 22 09:19:15.300520 2023] [wsgi:error]`make` in the source directory.
[Wed Mar 22 09:19:15.300522 2023] [wsgi:error] 
[Wed Mar 22 09:19:15.300524 2023] [wsgi:error]If you have used an installer, please check that it is suited for your
[Wed Mar 22 09:19:15.300526 2023] [wsgi:error] Python version, your operating system and your platform.

所以我尝试了所有卸载并使用 pip 重新安装或从 github 等源构建它。它永远不起作用！

我通过ssh连接在VM的终端中激活环境并尝试导入sklearn，并询问版本，这就是结果。


sklearn.show_versions()
/home/admin/decision-support-system/env3.7/lib/python3.7/site-packages/_distutils_hack/__init__.py:33: UserWarning: Setuptools is replacing distutils.
  warnings.warn("Setuptools is replacing distutils.")

System:
    python: 3.7.7 (default, Mar 16 2023, 01:45:54)  [GCC 10.2.1 20210110]
executable: /home/admin/decision-support-system/env3.7/bin/python
   machine: Linux-5.10.0-21-amd64-x86_64-with-debian-11.6

Python dependencies:
          pip: 23.0.1
   setuptools: 67.6.0
      sklearn: 1.0.2
        numpy: 1.18.5
        scipy: 1.7.3
       Cython: None
       pandas: 1.3.4
   matplotlib: 3.3.2
       joblib: 1.2.0
threadpoolctl: 3.1.0

Built with OpenMP: True

看来 VENV 一切都好。我还导入了下面的点列表结果： 我看到另一个帖子here https://stackoverflow.com/questions/56510280/pip-install-scikit-learn-fails-in-virtualenv-on-debian-raspberry-pi-failed-t，但我的问题是 sklearn 正在 VENV 上工作！


pip list
Package                Version
---------------------- ---------
absl-py                1.4.0
aniso8601              8.0.0
appdirs                1.4.3
astor                  0.8.1
astunparse             1.6.3
async-timeout          4.0.2
attrs                  19.3.0
cachetools             4.2.4
certifi                2022.12.7
cffi                   1.14.0
chardet                3.0.4
charset-normalizer     3.1.0
click                  8.1.3
colorama               0.4.3
cryptography           2.9.2
cycler                 0.10.0
distlib                0.3.0
filelock               3.0.12
fire                   0.3.1
flasgger               0.9.4
Flask                  2.2.3
Flask-Cors             3.0.10
flask-restplus         0.13.0
Flask-SQLAlchemy       3.0.2
flask-swagger-ui       3.25.0
gast                   0.3.3
google-auth            1.35.0
google-auth-oauthlib   0.4.6
google-pasta           0.2.0
greenlet               2.0.2
grpcio                 1.51.3
h5py                   2.10.0
idna                   3.4
importlib-metadata     6.0.0
importlib-resources    5.12.0
itsdangerous           2.1.2
Jinja2                 3.0.3
joblib                 1.2.0
jsonschema             3.2.0
Keras                  2.4.0
Keras-Applications     1.0.8
Keras-Preprocessing    1.1.2
kiwisolver             1.2.0
Markdown               3.4.1
MarkupSafe             2.1.2
marshmallow            3.5.1
matplotlib             3.3.2
mistune                0.8.4
mohawk                 1.1.0
numpy                  1.18.5
oauthlib               3.2.2
opt-einsum             3.3.0
pandas                 1.3.4
pathspec               0.8.0
Pillow                 8.0.1
pip                    23.0.1
pipdate                0.3.1
pkgutil_resolve_name   1.3.10
protobuf               4.22.1
pyasn1                 0.4.8
pyasn1-modules         0.2.8
pycparser              2.20
PyJWT                  1.7.1
pymongo                3.10.1
pyOpenSSL              19.1.0
pyparsing              2.4.7
pyrsistent             0.16.0
python-dateutil        2.8.1
pytz                   2019.3
PyYAML                 5.3.1
redis                  4.5.1
repoze.lru             0.7
requests               2.28.2
requests-hawk          1.1.1
requests-oauthlib      1.3.1
Routes                 2.4.1
rsa                    4.9
scikit-learn           1.0.2
scipy                  1.7.3
setuptools             67.6.0
six                    1.16.0
SQLAlchemy             2.0.6
structure              0.1.dev16
tensorboard            2.2.2
tensorboard-plugin-wit 1.8.1
tensorflow             2.2.2
tensorflow-estimator   2.2.0
termcolor              2.2.0
Theano                 1.0.4
threadpoolctl          3.1.0
tinynetrc              1.3.0
typing_extensions      4.5.0
urllib3                1.26.15
uWSGI                  2.0.18
Werkzeug               2.2.3
wheel                  0.40.0
wrapt                  1.15.0
zipp                   3.15.0

当我尝试从源构建库时，还有一些值得一提的事情，它有一些错误，其中提到了 numpy，但正如您所看到的，pip 安装工作正常，导入 sklearn 也工作正常！

是否知道这里的解决方案是什么？


您收到的错误意味着 scikit-learn 未正确构建。另请注意，scikit-learn 不再支持 python 3.7，这就是您安装旧版本的原因。

我会尝试使用 micromamba/mamba/conda 创建环境并从 conda-forge 通道安装。

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python3x

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