我有一个字符序列的文本文件，由两行组成：标题和下一行中的序列本身。该文件的结构如下：
>header1
aaaaaaaaa
>header2
bbbbbbbbbbb
>header3
aaabbbaaaa
[...]
>headerN
aaabbaabaa
在另一个文件中，我有一个要删除的序列标题列表，如下所示：
>header1
>header5
>header12
[...]
>header145
我们的想法是从第一个文件中删除这些序列，因此所有这些标头+以下行。我使用 sed 执行此操作，如下所示，
while read line; do sed -i "/$line/,+1d" first_file.txt; done < second_file.txt
它可以工作，但需要很长时间，因为我使用 sed 多次加载整个文件，而且它很大。关于如何加快这个过程的任何想法？
您遇到的问题很容易回答，但在处理通用 fasta 文件时不会对您有帮助。 Fasta 文件有一个序列头，后面跟着一行或多行，可以将这些行连接起来表示序列。 Fasta 文件格式大致遵循以下规则：
- 描述行 (defline) 或标题/标识符行，以 字符 (
>)，给出序列的名称和/或唯一标识符，并且还可以包含附加信息。
- 描述行后面是标准单字母字符串中的实际序列本身。除有效字符之外的任何内容都将被忽略（包括空格、制表符、星号等）。
- 该序列可以跨越多行。
- 多序列 FASTA 格式可以通过在一个公共文件中连接几个单序列 FASTA 文件来获得，通常是在两个后续序列之间留一个空行。
大多数提出的方法在具有多行序列的多 fasta 上都会失败
以下内容将始终有效：
awk '(NR==FNR) { toRemove[$1]; next }
/^>/ { p=1; for(h in toRemove) if ( h ~ $0) p=0 }
p' headers.txt file.fasta
这与答案非常相似EdMorton https://stackoverflow.com/a/55636520/8344060 and 阿努巴胡瓦 https://stackoverflow.com/a/55636635/8344060但这里的区别在于文件headers.txt可以仅包含标头的一部分。
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