应用两个数据框

2024-01-22

我正在使用 R,并且我有两个 data.frames,A and B。它们都有 6 行,但是A有 25000 个列(基因),并且B有 30 列。我想应用一个带有两个参数的函数f(x,y) where x是每一列A and y是每一列B。到目前为止,它看起来像这样:

i = 1
for (x in A){
    j = 1
    for (y in B){
        out[i,j] <- f(x,y)
        j = j + 1
    }
    i = i + 1
}

我对此有两个问题:在我的 Python 编程中,我认为跟踪这样的计数器很糟糕;在我的 R 编程中,我对 for 循环感到紧张。不过我不太明白如何申请apply(或者即使我应该申请apply)这个问题,希望有人能启发我。我需要治疗f()作为原子(实际上是cor.test()) 目前。


由于您使用的是数据框,因此使用 lapply 或 sapply 来执行此操作可能会更快(特别是考虑到数据框的范围)。例如,

x <- data.frame(col1=c(1,2,3,4), col2=c(5,6,7,8), col3=c(9,10,11,12))
y <- data.frame(col1=c(1,2,3,4), col2=c(5,6,7,8))
bl <- lapply(x, function(u){
   lapply(y, function(v){
       f(u,v) # Function with column from x and column from y as inputs
   })
})
out = matrix(unlist(bl), ncol=ncol(y), byrow=T)
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