python 列中字母的频率

我想计算所有列中每个字母出现的频率： 例如我有这三个序列：

seq1=AATC
seq2=GCCT
seq3=ATCA

在这里，我们有：在第一列中 'A' 的频率是 2 ， 'G' 是 1 。 对于第二列：“A”的频率为 1，“C”为 1，“T”为 1。（其余列中的频率相同） 首先，我尝试执行计算频率的代码我尝试这样做：

例如：

s='AATC'

dic={}
for x in s:
    dic[x]=s.count(x)

这给出：{'A':2,'T':1,'C':1}现在，我想将其应用到列上。为此，我使用以下指令：

f=list(zip(seq1,seq2,seq3))

gives:

[('A', 'G', 'A'), ('A', 'C', 'T'), ('T', 'C', 'C'), ('C', 'T', 'A')]

所以，在这里，我计算了()中字母的出现频率： 我怎样才能做到这一点 ？

如果我处理序列文件，如何使用此代码将其应用于文件序列？ 例如，每次我获取三个序列并应用此代码时，我的文件包含 100 个序列。

Here:

sequences = ['AATC',
             'GCCT',
             'ATCA']
f = zip(*sequences)
counts = [{letter: column.count(letter) for letter in column} for column in f]
print(counts)

输出（重新格式化）：

[{'A': 2, 'G': 1}, 
 {'A': 1, 'C': 1, 'T': 1}, 
 {'C': 2, 'T': 1}, 
 {'A': 1, 'C': 1, 'T': 1}]

显着特点：

• 而不是明确命名seq1, seq2等等，我们将它们放入一个列表中。
• 我们用以下命令解压列表*操作员。
• 我们在列表理解中使用字典理解来生成每列中每个字母的计数。这基本上就是您对单序列情况所做的操作，但更具可读性（IMO）。