我正在开展一个开放科学项目,以了解药物为何有效。我们创建了一个名为Hetionet https://github.com/dhimmel/hetionet有 47,031 个节点和 2,250,197 个关系。是使用 Neo4j https://thinklab.com/discussion/using-the-neo4j-graph-database-for-hetnets/112并有一个GraphGist 教程 http://portal.graphgist.org/graph_gists/drug-repurposing-by-hetnet-relationship-prediction-a-new-hope展示我们的方法。
我想让任何人都可以与我们的网络互动。 Neo4j 浏览器通过良好的用户界面提供了我们想要的灵活性。所以我在想解决方案是设置一个公共 Neo4j 3.0 社区服务器与设置:
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dbms.security.auth_enabled=false http://neo4j.com/docs/operations-manual/3.0/#security-server-auth禁用登录
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dbms.read_only=true http://neo4j.com/docs/operations-manual/3.0/#config_dbms.read_only防止写查询
- 设置刽子手 https://dzone.com/articles/10-caveats-neo4j-users-should限制查询运行时间
以下是其他注意事项:
- 云托管:我们希望将其托管在云中,以便它始终可用。看起来 AWS 是最便宜的选择?
- 可重复性:如果我们能够使配置可重复且易于重新部署,那就太好了。Neo4j 的 Docker http://neo4j.com/developer/docker/下载数据库来自 GitHub https://github.com/dhimmel/hetionet/tree/31e6cb3162dee8a06085709e730380b52278e32a/hetnet/neo4j?
- 杀手级功能将是链接到或嵌入带有预填充查询的浏览器(请参阅这个未解决的问题 https://stackoverflow.com/questions/24062795).
所以我的问题是:
- 是否会出现任何阻止托管公共 Neo4j 实例的问题?
- 我使用 AWS/Docker 的方向正确吗?
- 并发使用时设置会中断吗?假设我们最多同时打开 30 个浏览器,并且并发查询不超过几个。
补充笔记:
- 查看相关问题one https://stackoverflow.com/q/21506825/4651668 and two https://stackoverflow.com/questions/37070585.
- The Twitter 图表演示 http://network.graphdemos.com/提供类似的功能,但为每个用户创建一个新实例。
你的想法都很有道理。
您可以为您的数据集创建浏览器指南,例如来自您的图形学家,类似于:play http://guides.neo4j.com/graphgists
使用此存储库,您可以将 asciidoc(如图形专家)转换为浏览器指南:https://github.com/jexp/neo4j-guides https://github.com/jexp/neo4j-guides
Rik 对此发表了一些博客文章:http://blog.bruggen.com/2016/03/an-easier-better-tastier-beergraphguide.html http://blog.bruggen.com/2016/03/an-easier-better-tastier-beergraphguide.html
从 3.0.1 开始,甚至有一些方法可以添加表单,然后在查询中使用其内容。
您必须在白名单中启用浏览器指南conf/neo4j.conf
browser.remote_content_hostname_whitelist=http://host:port
从 Neo4j 3.0.1 开始,您可以使用以下命令设置浏览器:play
您的用户的 URL:
http://host:7474/browser?cmd=play&arg=http://host:port/path/to/guide.html
关于 Docker,我的同事 Ryan 刚刚为巴拿马论文发布了一个基于他们发布的数据库的 docker 镜像:https://github.com/ryguyrg/panama-neo4j https://github.com/ryguyrg/panama-neo4j
PS:也请随时通过电子邮件与我联系,michael at neo4j
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