我有以下包含 30233088 字符串的（大）文件：
head mystringfile.txt:
GAATGAACACGAAGAA
GAATGAACACGAAGAC
GAATGAACACGAAGAG
GAATGAACACGAAGCA
cat sequence.txt
AAATAGAGGGCGGTCCAGGCGTGTCGAAACACTGGGTCCAGGGCAAGAGCGGTTCGGGTGTCAGGAAAGCCCCCAAGGGGGTTCGCGCGGTTTGCAGTGAGGTAGAGGCCGGTGTATGGGTAGACAATTGGGGTCCCAAAGAAAAAGGCTCGTCCAACATCATAATAAACCCAAGCACGATAAAAAGCAAACGCAGACTTCAATAGGGTACGAGCAATTGTGGCAGGGTGCTCGCTGTCAGGGTTAGATCTTCTTGGAGTCGCGTCGCTCGGGGGGGCAAGGCCAACGTAAGATCGTGGCTGATCGCTGGCAATGCGGTCGGTTGGGTGGTCGCTAGTAGGGGCACGGCGGTCTCTTATGGCGTCGTAAAATGCGTCTCCAAAGCGAAAAGGGGCGGCAGACAAGTCACCGGGCAAGCTTAGAGGTCTGGGGCCCGTGGCTTTAGGGGAATGAACACGAAGACGCGAAACGAAGTCGTGTTTCTTGTTGGCTGTAGAGGGGAAAACCGTCTGGGGCGATCTGGCGTAGTAGTGCGTGTCTTGCAGTGAGCTCCCCGTCCGTAAGGATTCGCAGGAATCCTGCGTGAAGCTCGGTCGTCTCGGCCGTGTCTCGGGGTTTGATTGCGGGTTCAGATTGGAAAGGTCTCCTCGGGTCGTTTGCTGCATTTGCTCGCAACCCTGACGTGAAAGGGGTGAGCTGTCTCCAATCTGCCACGCTGGGTGTTGCGTCGTCAGTAAAAGACTTGGTCAAGCTGGGACCTCGCAAGATCGCGAGAGGGTTAAGCACAAAAGGTATGGCGAAGCTCCCGGGTGCTCTTGTGGCCACCCAGAATCATGGTGACGTAGGTTTTGCGAAGCCATCAAAAATTCAGGCGGCAAAACGAGCCAGTAGGGTCCTGGGCAGCTGGGCTTGTAGTGGGTAGGCGGCAAAACGCAAAGAATGAACACGAAGCAACTCCGTAGTGTGACGGGGGTTCTGACAAACGTCCTGCAAGAAGTTCGTCTTGGG
我需要grep在另一个序列文件中确定匹配的位置，我执行以下操作：
while read line; do grep -b -o $line sequence.txt >>sequence.txt.count; done<mystringfile.txt
运行这样的代码当然需要很长时间并且只运行 1 个线程的一部分，那么我该如何修改它（使用parallel or xargs？）以便它在我想要指定的线程数上运行？
您使用 shell 循环处理文本的想法是错误的。您正在打开一个新的文件描述符，以便为输入文件上的每次 30233088 迭代重定向到输出文件。它很容易产生巨大的性能影响或耗尽打开的文件描述符的情况。
使用适合工作的正确工具。Awk是你的朋友吗？如果sequence.txt正如您所说，只是一个巨大的模式，您可以将其放入正则表达式匹配的变量中，如下所示。该解决方案不涉及必须在 RAM 中存储条目的内存开销
awk -v sequence="$(<sequence.txt)" 'n=index(sequence, $1){print n":"$1}' mystringfile.txt
这应该比您所采用的方法相对更快，并且要进一步加快速度，请更改您的locale设置以匹配C local,
LC_ALL=C awk -v sequence="$(<sequence.txt)" 'n=index(sequence, $1){print n":"$1}' mystringfile.txt
为了匹配grep的选项-b要打印字节偏移开始，请使用n-1在上面的答案中而不是仅仅n.
如果您仍然想使用 GNU 并行，请使用--pipepart将文件物理分割成多个部分并指定--blocksize 为要读取的文件内容的 MB 量
parallel -a mystringfile.txt --pipepart --block=20M -q awk -v sequence="$(<sequence.txt)" 'n=index(sequence, $1){print n":"$1}'
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