DNA 到 RNA 并使用 Perl 获取蛋白质

我正在开发一个读取 DNA 并找到其 RNA 的项目（我必须用 Perl 实现它，但我不擅长）。将该 RNA 分成三联体以获得其等效的蛋白质名称。我将解释步骤：

1）将以下DNA转录为RNA，然后使用遗传密码将其翻译为氨基酸序列

Example:

TCATAATACGTTTTGTATTCGCCAGCGCTTCGGTGT

2) 要转录 DNA，首先将每个 DNA 替换为对应的 DNA（即，G 替换 C，C 替换 G，T 替换 A，A 替换 T）：

TCATAATACGTTTTGTATTCGCCAGCGCTTCGGTGT
AGTATTATGCAAAACATAAGCGGTCGCGAAGCCACA

接下来，请记住胸腺嘧啶 (T) 碱基会变成尿嘧啶 (U)。因此我们的序列变成：

AGUAUUAUGCAAAACAUAAGCGGUCGCGAAGCCACA

使用遗传密码就是这样

AGU AUU AUG CAA AAC AUA AGC GGU CGC GAA GCC ACA

然后在遗传密码表中查找每个三联体（密码子）。所以AGU变成丝氨酸，我们可以写成Ser，或者 S.AUU变成异亮氨酸（Ile），我们写成I。这样下去，我们得到：

SIMQNISGREAT

我给出蛋白质表：

那么如何用 Perl 编写该代码呢？我将编辑我的问题并编写我所做的代码。

尝试下面的脚本，它接受 STDIN（或作为参数给出的文件中）的输入并按行读取它。我还认为，所附图像中的“停止”是某种停止状态。希望我能从那张照片中读懂一切。

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my %proteins = qw/
    UUU F UUC F UUA L UUG L UCU S UCC S UCA S UCG S UAU Y UAC Y UGU C UGC C UGG W
    CUU L CUC L CUA L CUG L CCU P CCC P CCA P CCG P CAU H CAC H CAA Q CAG Q CGU R CGC R CGA R CGG R
    AUU I AUC I AUA I AUG M ACU T ACC T ACA T ACG T AAU N AAC N AAA K AAG K AGU S AGC S AGA R AGG R
    GUU V GUC V GUA V GUG V GCU A GCC A GCA A GCG A GAU D GAC D GAA E GAG E GGU G GGC G GGA G GGG G
    /;

LINE: while (<>) {
    chomp;

    y/GCTA/CGAU/; # translate (point 1&2 mixed)

    foreach my $protein (/(...)/g) {
        if (defined $proteins{$protein}) {
            print $proteins{$protein};
        }
        else {
            print "Whoops, stop state?\n";
            next LINE;
        }
    }
    print "\n"
}