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AWK 比较两个文件，如果匹配，则将新列从第二个文件添加到第一个文件

2024-02-18

我有问题，我想比较两个文件。第一个文件是参考：

ABCA4 INHR
AMT   INHR
BTK   ONKO1
PAP   ONKO2

第二个文件用于比较：

3  1:2 T ENG1  ABCA4 ff
3  1:2 T ENG1  ABCA4 gg
5  1:4 A ENG20 AMT   ll
6  1:5 G ENG12 BRB   ds
7  1:6 T ENG8  PAP   rg 
7  1:6 T ENG8  PAP   tt

我想将第一个文件中的 $1 与第二个文件中的 $5 进行比较，如果第二个文件中的 $5 和 $6 之间存在匹配，则打印第一个文件中的 $2：

    3  1:2 T ENG1  ABCA4 INHR  ff
    3  1:2 T ENG1  ABCA4 INHR  gg
    5  1:4 A ENG20 AMT   INHR  ll
    6  1:5 G ENG12 BRB     -   ds
    7  1:6 T ENG8  PAP   ONKO2 rg 
    7  1:6 T ENG8  PAP   ONKO2 tt

所有列均以制表符分隔。 谢谢


你可以这样做：

awk 'NR==FNR{a[$1]=$2;next}{$5=$5 "\t" (a[$5]?a[$5]:"-")}1' file1 file2

details:

NR==FNR {     # when the first file is processed
    a[$1]=$2  # store the second field in an array with the first field as key
    next      # jump to the next record
}
{
    $5=$5 "\t" (a[$5]?a[$5]:"-") # append a tab and the corresponding second
                                 # field from the first file if it exists or -
}
1 # true, display the line
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