OSError: [Errno 12] 使用 python 多处理池时无法分配内存

2024-02-24

我正在尝试使用 Python 将函数并行应用于 5 个交叉验证集multiprocessing并对不同的参数值重复此操作,如下所示:

import pandas as pd
import numpy as np
import multiprocessing as mp
from sklearn.model_selection import StratifiedKFold

#simulated datasets
X = pd.DataFrame(np.random.randint(2, size=(3348,868), dtype='int8'))
y = pd.Series(np.random.randint(2, size=3348, dtype='int64'))

#dummy function to apply
def _work(args):
    del(args)

for C in np.arange(0.0,2.0e-3,1.0e-6):
    splitter = StratifiedKFold(n_splits=5)
    with mp.Pool(processes=5) as pool:
        pool_results = \
            pool.map(
                func=_work,
                iterable=((C,X.iloc[train_index],X.iloc[test_index]) for train_index, test_index in splitter.split(X, y))
            )

但是执行到一半时出现以下错误:

Traceback (most recent call last):
  File "mre.py", line 19, in <module>
    with mp.Pool(processes=5) as pool:
  File "/usr/lib/python3.5/multiprocessing/context.py", line 118, in Pool
    context=self.get_context())
  File "/usr/lib/python3.5/multiprocessing/pool.py", line 168, in __init__
    self._repopulate_pool()
  File "/usr/lib/python3.5/multiprocessing/pool.py", line 233, in _repopulate_pool
    w.start()
  File "/usr/lib/python3.5/multiprocessing/process.py", line 105, in start
    self._popen = self._Popen(self)
  File "/usr/lib/python3.5/multiprocessing/context.py", line 267, in _Popen
    return Popen(process_obj)
  File "/usr/lib/python3.5/multiprocessing/popen_fork.py", line 20, in __init__
    self._launch(process_obj)
  File "/usr/lib/python3.5/multiprocessing/popen_fork.py", line 67, in _launch
    self.pid = os.fork()
OSError: [Errno 12] Cannot allocate memory

我在具有 32Gb 内存的 Ubuntu 16.04 上运行此程序,并检查htop在执行过程中它永远不会超过 18.5Gb,所以我不认为我的内存不足。
这肯定是由于我的数据帧与索引的分割所致splitter.split(X,y)因为当我直接将数据帧传递给Pool对象没有抛出错误。

I saw 这个答案 https://stackoverflow.com/a/45620524/8650928这表示这可能是由于创建了太多文件依赖项,但我不知道如何解决该问题,并且上下文管理器不是应该帮助避免此类问题吗?


os.fork()制作进程的副本,因此如果您的使用量约为 18 GB,并且想要调用fork,您还需要 18 GB。 18 的两倍就是 36 GB,远远超过 32 GB。虽然这种分析(故意)很幼稚——有些东西不会在分叉上被复制——但它可能足以解释问题。

解决方案是要么在需要复制的内存较少时更早地创建池,要么更加努力地共享最大的对象。或者,当然,向系统添加更多内存(可能只是虚拟内存,即交换空间)。

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