编辑后保留PDB文件格式。

我有 xxx.pdb 文件：

 ATOM   1910  CB  SER   128      45.806  50.621  39.840  1.00  9.36
 ATOM   1913  OG  SER   128      44.538  51.195  39.571  1.00  9.36
 ATOM   1915  C   SER   128      45.325  48.172  40.360  1.00  9.36
 ATOM   1916  O   SER   128      45.368  47.955  39.155  1.00  9.36
 ATOM   1917  N   SER   129      44.953  47.236  41.238  1.00 11.24
 ATOM   1919  CA  SER   129      44.395  45.938  40.826  1.00 11.24
 ATOM   1921  CB  SER   129      44.091  45.053  42.031  1.00 11.24
 ATOM   1924  OG  SER   129      43.483  45.786  43.085  1.00 11.24

当我尝试这段代码时： awk '{if($10

这发生过：

ATOM 1910 CB SER 128 45.806 50.621 39.840 1.50 9.36
ATOM 1913 OG SER 128 44.538 51.195 39.571 1.50 9.36
ATOM 1915 C SER 128 45.325 48.172 40.360 1.50 9.36
ATOM 1916 O SER 128 45.368 47.955 39.155 1.50 9.36
ATOM   1917  N   SER   129      44.953  47.236  41.238  1.00 11.24
ATOM   1919  CA  SER   129      44.395  45.938  40.826  1.00 11.24
ATOM   1921  CB  SER   129      44.091  45.053  42.031  1.00 11.24
ATOM   1924  OG  SER   129      43.483  45.786  43.085  1.00 11.24

关于如何保留列格式有什么想法吗？

Thanks.

我不确定您想要完成什么，但一般来说，读取 xxx.pdb 文件，然后以正确的格式输出 new.pdb 文件，这就是我所做的：

    awk '{printf "%4s%7.0f%3s%6s%2s%4.0f%12.3f%8.3f%8.3f%6.2f%7.2f\n", $1, $2, $3, $4, $5, $6, $7, $8, $9, $10, $11}' < xxx.pdb >> new.pdb

（这段代码除了复制之外实际上不会做任何事情）

如果我想使用变量来更改其中一个字段（如第二个字段），它看起来像：

    VARIABLE=3

    awk -v x=$VARIABLE '{printf "%4s%7.0f%3s%6s%2s%4.0f%12.3f%8.3f%8.3f%6.2f%7.2f\n", $1, ($2 + x), $3, $4, $5, $6, $7, $8, $9, $10, $11}' < xxx.pdb >> new.pdb

这会将 3 添加到 pdb 文件的整个第二列。