我刚刚开始使用 perl,我有一个问题。我有 PHYLIP 文件,我需要将其转换为 FASTA。我开始写剧本。首先,我删除了行中的空格,现在我需要对齐所有行,每行应包含 60 个氨基酸,并且序列标识符应打印在新行中。也许有人可以给我一些建议?
BioPerl 生物::AlignIO http://doc.bioperl.org/bioperl-live/Bio/AlignIO.html模块可能会有所帮助。它支持PHYLIP http://doc.bioperl.org/bioperl-live/Bio/AlignIO/phylip.html序列格式:
phylip2fasta.pl
use strict;
use warnings;
use Bio::AlignIO;
# http://doc.bioperl.org/bioperl-live/Bio/AlignIO.html
# http://doc.bioperl.org/bioperl-live/Bio/AlignIO/phylip.html
# http://www.bioperl.org/wiki/PHYLIP_multiple_alignment_format
my ($inputfilename) = @ARGV;
die "must provide phylip file as 1st parameter...\n" unless $inputfilename;
my $in = Bio::AlignIO->new(-file => $inputfilename ,
-format => 'phylip',
-interleaved => 1);
my $out = Bio::AlignIO->new(-fh => \*STDOUT ,
-format => 'fasta');
while ( my $aln = $in->next_aln() ) {
$out->write_aln($aln);
}
$ perl phylip2fasta.pl test.phylip
>Turkey/1-42
AAGCTNGGGCATTTCAGGGTGAGCCCGGGCAATACAGGGTAT
>Salmo_gair/1-42
AAGCCTTGGCAGTGCAGGGTGAGCCGTGGCCGGGCACGGTAT
>H._Sapiens/1-42
ACCGGTTGGCCGTTCAGGGTACAGGTTGGCCGTTCAGGGTAA
>Chimp/1-42
AAACCCTTGCCGTTACGCTTAAACCGAGGCCGGGACACTCAT
>Gorilla/1-42
AAACCCTTGCCGGTACGCTTAAACCATTGCCGGTACGCTTAA
测试.phylip http://evolution. Genetics.washington.edu/phylip/doc/sequence.html http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/sequence.html
5 42
Turkey AAGCTNGGGC ATTTCAGGGT
Salmo gairAAGCCTTGGC AGTGCAGGGT
H. SapiensACCGGTTGGC CGTTCAGGGT
Chimp AAACCCTTGC CGTTACGCTT
Gorilla AAACCCTTGC CGGTACGCTT
GAGCCCGGGC AATACAGGGT AT
GAGCCGTGGC CGGGCACGGT AT
ACAGGTTGGC CGTTCAGGGT AA
AAACCGAGGC CGGGACACTC AT
AAACCATTGC CGGTACGCTT AA
本文内容由网友自发贡献,版权归原作者所有,本站不承担相应法律责任。如您发现有涉嫌抄袭侵权的内容,请联系:hwhale#tublm.com(使用前将#替换为@)