如何将树（Java 程序的输出）转换为 R 中的树状图？
目前，我正在使用给出的建议将树转换为 Newick 格式here https://stackoverflow.com/questions/2612579/converting-a-tree-to-newick-format-java。然后我用ape在 R 中封装以读取 Newick 格式的树：
library("ape")
cPhylo <- read.tree(file = "gc.tree")
最后我用as.hclust在 R 中将树转换为树状图：
dendrogram <- as.hclust(gcPhylo)
然而，树状图需要分支长度。尽管我插入了分支长度，但我收到一条错误消息，指出该树不是超度量的：
as.hclust.phylo(gcPhylo) 中的错误：树不是超度量的
我想我在插入分支长度时做错了什么。
我还有其他方法可以遵循吗？或者如何在将树转换为 Newick 格式时插入分支长度？相等的分支长度就可以了。
这是一个老问题，但迄今为止还没有足够的答案。由于我遇到了同样的问题，并且我的 googlefoo 无法找到答案，所以您可以：
library("ape")
cPhylo <- read.tree(file = "gc.tree")
dendrogram <- chronos(cPhylo)
本文内容由网友自发贡献，版权归原作者所有，本站不承担相应法律责任。如您发现有涉嫌抄袭侵权的内容，请联系:hwhale#tublm.com(使用前将#替换为@)
