我在最新版本的 R(3.4.1)、Mac (10.12.5) 和 Java VM (1.8.0_131, x86_64:) 中遇到了 rJava 的问题
Problem:
我尝试遵循本指南
scottdhoover.wordpress.com/2013/03/05/a-basic-rjava-example/
能够在 R 中运行 rJava。
r 的一些代码:
库(rJava)
.jinit("")
.jclassPath()
[1]“/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/java”
s
所以实际上是有效的..但是当我尝试使用我的文件时:
.jaddClassPath(“/Users/Camilo/Desktop/20170711_Java2R”)
.jclassPath()
[1]“/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/java”“/Users/Camilo/Desktop/20170711_Java2R”
myExchange
其中文件 myExchange.java 与指南中的相同,位于桌面的文件夹中。
我做了什么:
基本上我尝试从 R 安装 rJava 但没有成功。然后我遵循两个指南才能从源代码加载 R 中的 rJava 包
我已遵循本指南:
https://github.com/snowflakedb/dplyr-snowflakedb/wiki/Configuring-R-rJava-RJDBC-on-Mac-OS-X https://github.com/snowflakedb/dplyr-snowflakedb/wiki/Configuring-R-rJava-RJDBC-on-Mac-OS-X(为了能够加载rJava)
两者都在哪里
R CMD javareconf
/usr/libexec/java_home -V
看起来完全就是它应该的样子。
为了解决人们通常遇到的 OpenMP 问题,我遵循以下指南:
http://thecoatlessprofessor.com/programming/openmp-in-r-on-os-x/#clang-before-3-4-0 http://thecoatlessprofessor.com/programming/openmp-in-r-on-os-x/#clang-before-3-4-0(摆脱所有人都遇到的 OpenMP 问题)。
最后我使用此代码创建一个符号链接
sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib
我能够从 R 安装该库。
但!当我从终端尝试它时,我收到此错误
ld: library not found for -lomp
clang-4.0: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make[2]: *** [libjri.jnilib] Error 1
make[1]: *** [src/JRI.jar] Error 2
make: *** [jri] Error 2
ERROR: compilation failed for package ‘rJava’
所以我认为:库或符号链接也必须丢失..但是 llvm 中没有这样的文件(已在 llvm 中解决ld:找不到 -lomp 的库 https://stackoverflow.com/questions/44579856/ld-library-not-found-for-lomp )
我知道错误“ClassNotFoundExceptions”可能与 PATH 有关,但应该没问题,因为在开始时已经声明了。
顺便说一句,我还检查了 .R/Makevars 文件,如下所示
CC=/usr/local/clang4/bin/clang
CXX=/usr/local/clang4/bin/clang++
LDFLAGS=-L/usr/local/clang4/lib
有什么想法如何解决吗?提前致谢!我希望这是清楚的。