在 R 中使用 NA 计算栅格数据的变异函数

Summary:我有一个包含 NA 值的栅格数据集，并且想要计算它的变异函数，忽略 NA。我怎样才能做到这一点？

我有一个图像，已使用以下命令加载到 R 中readGDAL函数，存储为im。为了使其可重复，结果dput图像上可在https://gist.github.com/2780792 https://gist.github.com/2780792。我正在尝试显示该数据的变异函数并且正在努力。我将回顾一下到目前为止我所尝试过的：

我尝试过gstat包，但似乎无法获得有效的函数调用。我发现基本上我需要的是数据值本身（im@data$band1）和坐标（coordinates(im)）。我尝试过各种命令，例如：

> variogram(locations=coordinates(im), y = im@data$band1)
Error in is.list(object) : 'object' is missing

and

> variogram(coordinates(im), im@data$band1)
Error in variogram.default(coordinates(im), im@data$band1) : 
  argument object and locations should be lists

我在这里做错了什么？

由于这似乎不起作用，我尝试了geoR包，我使用以下方式调用它：

> variog(coords=coordinates(im), data=im@data$band1)
variog: computing omnidirectional variogram
Error in FUN(X[[1L]], ...) : NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 4)

该错误看起来与其中包含 NA 的数据有关，因此我尝试使用以下命令删除它们na.omit，但这会将所有 NA 保留在那里。作为光栅文件，这有点有意义must每个网格正方形都有一些东西。有没有办法以某种方式删除 NA，或者至少使variog命令忽略它们？

任何帮助将非常感激。

如果数据对象传递给gstat:variogram是一个空间对象（您的数据是SpatialGridDataFrame）那么您不需要指定位置，因为这些位置包含在数据中。

然而，显然NA值会导致问题，因此如果我们强制网格对象成为SpatialPointsDataFrame，这将删除NA values

im包含数据https://gist.github.com/2780792 https://gist.github.com/2780792

library(gstat)
point_data <- as(im, 'SpatialPointsDataFrame')
gstat_variogram <- variogram(band1 ~ 1, data = point_data)

To use geoR

library(geoR)
geor_variogram <- variog(coords = coordinates(point_data), 
                          data = point_data@data$band1)

或者更简单（如geoR与类对象一起工作geodata并包含函数as.geodata从 a 转换SpatialPointsDataFrame to geodata object

geor_variogram <- variog(as.geodata(point_data))