我在用Jupyter实验室构建使用 bash 和 python 脚本的生物信息学管道。
第一个 bash 脚本结果为该过程的每一步提供了大量反馈。但是,此反馈没有帮助(除非出现错误)并且使文档的可读性较差。
我希望能够默认隐藏该单元格的输出,而且还能够在必要时打开它来排除故障。我知道可以在输出上单击 3 次来折叠它;我只是想知道是否有办法默认这样做。
我尝试添加此处指定的标签(https://jupyterbook.org/features/hiding.html#Hiding-outputs https://jupyterbook.org/features/hiding.html#Hiding-outputs)到细胞,但它似乎对我不起作用。
感谢您的帮助。
您可能只想使用抑制输出%%capture
细胞魔法如图所示here https://stackoverflow.com/a/23692951/8508004。然后,您只需从单元格的第一行中删除该神奇命令即可在您想要查看输出时(例如在进行故障排除时)。
如果您希望每次运行单元时都可以,稍后您可以决定查看捕获的内容,您可以使用%%capture
魔法命令更多,因为它应该被使用。通过分配捕获的内容,您还可以执行类似的操作%%bash
cell magic 允许处理输出流(参见here https://stackoverflow.com/a/24776049/8508004), 也。如所描述和所示here http://ipython.readthedocs.io/en/stable/interactive/magics.html#cellmagic-capture使用 utils 对象,您可以轻松获取 stdout 和/或 stderr 作为字符串,请参阅http://ipython.readthedocs.io/en/stable/api/ generated/IPython.utils.capture.html http://ipython.readthedocs.io/en/stable/api/generated/IPython.utils.capture.html.
假设您将以下内容放在单元格的顶部以将捕获的内容分配给out
:
%%capture out
您可以稍后使用以下命令查看标准输出流:
print(out.stdout)
或者如果你只想要其中的一部分,比如print(out.stdout[1:500])
。我在一些代码块中说明了一些更高级的处理here https://gist.github.com/fomightez/971d0958510c4c1a4734eafe4afa0cac#file-useful_notebook_snippets-L11.
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