加快写入多个图像 TIFF 的速度?

2024-05-06

我正在尝试将图像堆栈写入 TIFF 文件。图像大小为 256*256 像素,每个堆栈包含 1000 张图像。编写其中一个文件大约需要 4 分钟 - 所以我的代码很可能有问题。

这就是我正在做的:

void Tiff_WriterSplit(float data[], int PicNum, int WIDTH, int LENGTH, char PATH[]) {
     int i;
     int rows = LENGTH, columns = WIDTH;
     TIFF* tif;

     if (PicNum == 0)
         tif = TIFFOpen(PATH, "w");
     else
         tif = TIFFOpen(PATH, "a");

     TIFFSetField(tif, TIFFTAG_IMAGEWIDTH, columns);
     TIFFSetField(tif, TIFFTAG_IMAGELENGTH, rows);
     TIFFSetField(tif, TIFFTAG_SAMPLESPERPIXEL, 1);
     TIFFSetField(tif, TIFFTAG_BITSPERSAMPLE, 32);
     TIFFSetField(tif, TIFFTAG_SAMPLEFORMAT, SAMPLEFORMAT_IEEEFP);

     for (i = 0; i < rows; i++)
         TIFFWriteScanline(tif, &data[i * columns], i, 0);

     TIFFWriteDirectory(tif);
     TIFFClose(tif);
}

这个功能Tiff_WriterSplit将为堆栈的每个图像调用。第一张图片将有PicNum = 0打开 tiff 文件w模式下,以下所有图像都会有一个PicNum > 0打开它a模式。写入速度开始时约为 40 MB/s,随着文件大小的增加而变得越来越慢 - 降至约 1 MB/s。我怎样才能优化性能?


写 tiff 比读 tiff 容易得多。 libtiff 的开销对于写入性能来说可能相当有限。假设您有一个可以由 tiff 标头表示的某种像素格式的缓冲区,写入 tiff 的步骤,

  1. 写入 tiff 标头
  2. 写入图像数据
  3. 写入目录(标签表)。

对于多图像 tiff,我们受到 32 位条目的 4GB tiff 限制。但是,如果您的图像始终具有相同的几何形状(宽度、高度、平面、深度),则可以在写入所有图像数据后写出标记表中的目录条目。您可以将该目录放置在 tiff 二进制文件的末尾(或开头)。如果最后您知道图像的数量,则可以在写入图像之前形成目录条目(就地构建表)。如果API不允许您预先知道图像的数量,则必须在写入最终图像后在IFD中计算最终文件偏移量。

直接写一个tiff就可以让你使用fallocate, mmap以及其他可以加快多图像 tiff 写入速度的操作系统功能。如果需要转换图像格式,这项工作在计算上会更具挑战性,因为它可能涉及信号处理。

与 libtiff 相比,直接写入的单图像平面写入速度可快 3 倍以上。如果 libtiff 不断重新计算并重新定位 tiff (IFD) 末尾的标签表,则每个图像的复杂度为 O(n^2)。

我使用这种技术将科学图像传感器数据从genicam /questions/tagged/genicam设备。它允许以更高的 FPS 进行捕获。

将视觉分析与多 tiff(目录)结构相结合来查找感兴趣区域将允许为单个 tiff 中的每个帧保存多个感兴趣区域。

参考

  • http://www.fileformat.info/format/tiff/corion.htm http://www.fileformat.info/format/tiff/corion.htm
  • http://paulbourke.net/dataformats/tiff/ http://paulbourke.net/dataformats/tiff/
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