使用 RMySQL 会干扰 RPostgreSQL

2024-05-13

我有一个 R 脚本,我想从 MySQL 数据库中提取一些数据,然后从 PostgreSQL 数据库中提取一些数据。但是,从 RMySQL 加载 MySQL 驱动程序会阻止我从以下位置加载 PostgreSQL 驱动程序:PostgreSQL.

我可以自行加载 Postgres 驱动程序:

> RPostgreSQL::PostgreSQL()
<PostgreSQLDriver:(58810)> 

然后我可以加载 RMySQL 驱动程序:

> RMySQL::MySQL()
<MySQLDriver>

但是,如果我先加载 MySQL 驱动程序,则 PostgreSQL 驱动程序无法加载:

> RMySQL::MySQL()
<MySQLDriver>
> RPostgreSQL::PostgreSQL()
Error in as.integer(from) : 
  cannot coerce type 'S4' to vector of type 'integer'

这对我来说似乎有点神奇:RMySQL 不应该改变 RPostgreSQL 命名空间中的函数。

有谁知道可能导致此问题的原因以及我该如何解决它?我在两台不同的机器上复制了这个问题,结果完全相同。

机器 1:Mac 操作系统 10.9.5:

Machine R version 3.1.2 (2014-10-31)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] DBI_0.3.1       RMySQL_0.10     RPostgreSQL_0.41

机器 2:Fedora 版本 20(Heisenbug):

R version 3.1.1 (2014-07-10)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] DBI_0.3.1       RMySQL_0.10     RPostgreSQL_0.4

/edit:此外,即使我先加载 Postgres 驱动程序,仅加载 MySQL 驱动程序也会完全破坏 Postgres 驱动程序:

library(DBI)
dr1 <- RPostgreSQL::PostgreSQL()
dr2 <- RMySQL::MySQL()

> dbConnect(dr1, host = "me", port = "1234", dbname = "me", user="me", password="me")
Error in as.integer(from) : 
  cannot coerce type 'S4' to vector of type 'integer'

/编辑2:这是一个错误RMySQL 0.10;上面的代码工作正常RMySQL 0.9.3. 从这个20个月前的问题来看 https://stackoverflow.com/questions/16403460/dbconnect-with-r-3-0-on-ubuntu-12-04-x64-error-in-as-integerfrom-cannot-co,RMySQL 中时不时就会出现类似的错误。


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