rpy2 (版本 2.3.10) - 将数据从 R 包导入到 python 中

2024-06-25

因此,我尝试将一些数据从 R 包导入到 python 中,以测试我编写的其他一些 python-rpy2 函数。特别是,我正在使用SpatialEpiR 中的包和pennLC数据集。

所以我能够导入 rpy2 包并正确连接到该包。但是,我不确定如何访问包中的数据。

import rpy2.robjects as robjects
from rpy2.robjects.packages import importr
spep = importr("SpatialEpi")

但是,我似乎无法访问数据对象pennLC in the SpatialEpi封装来测试功能。等效的 R 命令是:

data(pennLC)

有什么建议。


在 R 中,做data("foo")可以在工作区中创建任意数量的对象。在rpy2事物包含在环境中。这让它变得更干净。

from rpy2.robjects.packages import importr, data
spep = importr("SpatialEpi")
pennLC_data = data(spep).fetch('pennLC')

pennLC_data is an Environment(将其视为命名空间)。

列出获取的内容:

pennLC_data.keys()

要获取所需的数据对象:

pennLC_data['pennLC'] # guessing here, it might be a different name
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