在 heatmap.2 中将行标签设置为斜体

2024-06-28

我正在尝试使用 R 函数将行标签设置为斜体heatmap.2。没有默认选项,我无法通过设置找到解决方法par(font=3)例如。如何将行标签设置为斜体heatmap.2?

set.seed(123)
data = matrix(sample(100), nrow=10, ncol=10)
rownames(data) = c("A", "B", "C", "D", "E", "F", "G", "H", "I", "J")

library(gplots)

heatmap.2(data,
           Colv=TRUE,
           Rowv=TRUE,
           xlab=NA,
           ylab=NA)

您可以使用labCol and labRow论点heatmap.2传递标签。我们只需要弄清楚如何将它们作为列表传递plotmath表达式。我总是觉得这很痛苦,因为我没有经常这样做来记住适当的咒语,但能够通过调整将代码组合在一起这个 R 帮助答案 http://r.789695.n4.nabble.com/Plot-label-axis-with-expression-td4641046.html。请注意,矩阵需要有列名称,我已在下面的代码中添加了列名称

library(gplots)

# Fake data
set.seed(123)
data = matrix(sample(100), nrow=10, ncol=10)
rownames(data) = c("A", "B", "C", "D", "E", "F", "G", "H", "I", "J")
colnames(data) = 1:ncol(data)

heatmap.2(data,
          Colv=TRUE,
          Rowv=TRUE,
          labCol=as.expression(lapply(colnames(data), function(a) bquote(italic(.(a))))),
          labRow=as.expression(lapply(rownames(data), function(a) bquote(italic(.(a))))),
          xlab=NA,
          ylab=NA)
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